Summary

インビトロバス発酵システムを用いて内生生物とヒト腸内細菌叢との相互作用の解析

Published: August 23, 2019
doi:

Summary

ここで説明する内生生物とヒト腸内微生物叢との相互作用をインビトロバッチ発酵システムを用いて調べるプロトコルである。

Abstract

近年、ヒトの腸内微生物は、人間の健康を促進し、病気を予防する研究の重要なターゲットとなっています。その結果、内生生物(例えば、薬物およびプレバイオティクス)と腸内微生物叢との相互作用の研究は重要な研究テーマとなっている。しかし、人間のボランティアとの生体内実験では、生命倫理と経済的制約のために、このような研究には理想的ではありません。その結果、動物モデルは、生体内でのこれらの相互作用を評価するために使用されている。それにもかかわらず、動物モデル研究は、動物とヒトの微生物叢の組成や多様性に加えて、生物倫理の考慮事項によって依然として制限されています。別の研究戦略は、インビトロで内生生物と腸内微生物叢の相互作用の評価を可能にするバッチ発酵実験の使用です。この戦略を評価するために、ビフィズス菌(Bif)外糖(EPS)を代表的な異生物性として使用した。次に、Bif EPSとヒト腸内微生物叢との相互作用を、薄層クロマトグラフィー(TLC)、16S rRNA遺伝子ハイスループットシーケンシングによる細菌コミュニティ組成解析、ガスクロマトグラフィーなどのいくつかの方法を用いて検討した。短鎖脂肪酸(SCFA)の。ここでは、インビトロバッチ発酵システムを用いて内生生物とヒト腸内微生物叢との相互作用を調査するプロトコルを提示する。重要なことに、このプロトコルは、他の内生生物と腸内微生物叢間の一般的な相互作用を調査するために変更することもできます。

Introduction

腸内細菌叢は、人間の腸の機能と宿主の健康に重要な役割を果たしています。その結果、腸内微生物叢は最近、疾患予防と治療の重要な標的となっている1.さらに、腸内細菌は宿主腸細胞と相互作用し、代謝活動、栄養利用性、免疫系変調、さらには脳機能と意思決定を含む基本的な宿主プロセスを調節する2、3.内生生物は、腸内微生物叢の細菌組成と多様性に影響を与えるかなりの可能性を持っています。したがって、内生生物とヒト腸内微生物叢との相互作用は、研究の注目を集めている 4,5,6,7, 8,9.

生体倫理と経済的制約のために生体内の内生生物とヒト腸内微生物叢との相互作用を評価することは困難である。例えば、内生生物とヒト腸内微生物叢の相互作用を調べた実験は、食品医薬品局の許可なしには行うことができず、ボランティアの募集は高価です。その結果、動物モデルは、多くの場合、このような調査のために使用されます。しかし、動物モデルの使用は、異なる微生物叢組成物と動物対ヒト関連のコミュニティにおける多様性のために制限される。内生生物とヒト腸内微生物叢との相互作用を探索するインビトロ法は、バッチ培養実験を用いて行う。

外食糖(EPS)は、ヒトの健康の維持に著しく寄与するプレバイオティクスである10.異なる単糖組成物と構造からなる異なるEPSは、異なる機能を示すことができます。これまでの分析では、現在の研究11で標的とされる代表的な異種生物学であるBif EPSの組成を決定した。しかし、宿主関連代謝効果はEPS組成および多様性に関して考慮されていない。

ここで説明するプロトコルは、12人のボランティアからBif EPSを発酵させるfecal微生物叢を使用する。薄層クロマトグラフィー(TLC)、16S rRNA遺伝子ハイスループットシーケンシング、およびガスクロマトグラフィー(GC)を組み合わせて、EPSとヒト腸内微生物叢との相互作用を調べます。生体内実験と比較して、このプロトコルの明確な利点は、ホストの代謝からの干渉効果の低コストおよび回避である。さらに、記載されたプロトコルは、内生生物とヒト腸内微生物叢との相互作用を調査する他の研究で使用することができる。

Protocol

このプロトコルは、湖南理工学大学(中国湖南省)と浙江省権江大学(浙江省)の倫理委員会のガイドラインに従っています。 1. 細菌の調製 ビフィズス菌培地ブロスの調製 蒸留水の950 mLで以下の成分を組み合わせる:肉エキス、5グラム/L。酵母エキス, 5グラム/L;カゼインペプトン, 10 g/L;大豆色, 5グラム/L;ブドウ糖, 10 グラム/L;K2HPO4,2.04 g/L;MgSO4</…

Representative Results

粘膜EPSの産生は、72時間の嫌気性インキュベーション後のPYGプレート上のB.ロング培養において観察された(図1A)。培養スクローの遠心分離は、続いてエタノール沈殿および乾燥、セルロース様EPSの採取をもたらした(図1B)。乾燥EPSおよび可溶性デンプンは、次いで発酵培養のための炭素源として使用された。TLCは、その低コストおよび迅速な?…

Discussion

過去10年間にわたり、ヒト腸内微生物叢の組成と活動の理解に向けて大きな進歩が見られました。これらの研究の結果として、ホロビオエント概念が出現し、ヒトと腸内微生物叢19、20との間のような宿主および関連する微生物群相との相互作用を表す。さらに、ヒトは現在でも超生物21とみなされ、腸内微生物叢はヒト22、23にお?…

Disclosures

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

本研究は、中国国家自然科学財団(No.31741109)、湖南自然科学財団(No.2018JJ3200)、湖南理工学大学応用特性規律の構築プログラムによって資金提供されました。私たちは、この原稿の準備中にその言語的援助のためにLetPub(www.letpub.com)に感謝します。

Materials

0.22 µm membrane filters Millipore SLGP033RB Use to filter samples
0.4-mm Sieve Thermo Fischer 308080-99-1 Use to prepare human fecal samples
5-bromo-4-chloro-3-indolyl β-D-galactopyranoside (X-Gal) Solarbio X1010 Use to prepare color plate
Acetic Sigma-Aldrich 71251 Standard sample for SCFA
Agar Solarbio YZ-1012214 The component of medium
Anaerobic chamber Electrotek  AW 400SG Bacteria culture and fermentation
Autoclave SANYO MLS-3750 Use to autoclave
Bacto soytone Sigma-Aldrich 70178 The component of medium
Baking oven Shanghai Yiheng Scientific Instruments Co., Ltd DHG-9240A Use to heat and bake
Beef Extract Solarbio G8270 The component of medium
Bifidobacterium longum Reuter ATCC ATCC® 51870™ Bacteria
Bile Salts Solarbio YZ-1071304 The component of medium
Butyric Sigma-Aldrich 19215 Standard sample for SCFA
CaCl2 Solarbio C7250 Salt solution of medium
Capillary column SHIMADZU-GL InertCap FFAP (0.25 mm × 30 m × 0.25 μm) Used to SCFA detection
Casein Peptone Sigma-Aldrich 39396 The component of medium
Centrifuge Thermo Scientific Sorvall ST 8 Use for centrifugation
CoSO4.7H2O Solarbio C7490 The component of medium
CuSO4.5H2O Solarbio 203165 The component of medium
Cysteine-HCl Solarbio L1550 The component of medium
Ethanol Sigma-Aldrich E7023 Use to prepare vitamin K1
FeSO4.7H2O Solarbio YZ-111614 The component of medium
Formic Acid Sigma-Aldrich 399388 Used to TLC
Gas chromatography Shimadzu Corporation GC-2010 Plus Used to SCFA detection
Glass beaker Fisher Scientific FB10050 Used for slurry preparation
Glucose Solarbio G8760 The component of medium
Haemin Solarbio H8130 The component of medium
HCl Sigma-Aldrich 30721 Basic solution used to adjust the pH of the buffers
Isobutyric Sigma-Aldrich 46935-U Standard sample for SCFA
Isovaleric Acids Sigma-Aldrich 129542 Standard sample for SCFA
K2HPO4 Solarbio D9880 Salt solution of medium
KCl Solarbio P9921 The component of medium
KH2PO4 Solarbio P7392 Salt solution of medium
LiCl.3H2O Solarbio C8380 Use to prepare color plate
Meat Extract Sigma-Aldrich-Aldrich 70164 The component of medium
Metaphosphoric Acid Sigma-Aldrich B7350 Standard sample for SCFA
MgCl2.6H2O Solarbio M8160 The component of medium
MgSO4.7H2O Solarbio M8300 Salt solution of medium
MISEQ Illumina MiSeq 300PE system DNA sequencing
MnSO4.H20 Sigma-Aldrich M8179 Salt solution of medium
Mupirocin Solarbio YZ-1448901 Antibiotic
NaCl Solarbio YZ-100376 Salt solution of medium
NaHCO3 Sigma-Aldrich 792519 Salt solution of medium
NanoDrop ND-2000 NanoDrop Technologies ND-2000 Determine DNA concentrations
NaOH Sigma-Aldrich 30620 Basic solution used to adjust the pH of the buffers
n-butanol ChemSpider 71-36-3 Used to TLC
NiCl2 Solarbio 746460 The component of medium
Orcinol Sigma-Aldrich 447420 Used to prepare orcinol reagents
Propionic Sigma-Aldrich 94425 Standard sample for SCFA
QIAamp DNA Stool Mini Kit QIAGEN 51504 Extract bacterial genomic DNA
Ready-to-use PBS powder Sangon Biotech (Shanghai) Co., Ltd. A610100-0001 Used to prepare the lipid suspension
Resazurin Solarbio R8150 Anaerobic Equipment
Speed Vacuum Concentrator LABCONCO CentriVap Use to prepare EPSs
Starch Solarbio YZ-140602 Use to the carbon source
Sulfuric Acid Sigma-Aldrich 150692 Used to prepare orcinol reagents
T100 PCR BIO-RAD 1861096 PCR amplification
TLC aluminium sheets MerckMillipore 116835 Used to TLC
Trypticase Peptone Sigma-Aldrich Z699209 The component of medium
Tryptone Sigma-Aldrich T7293 The component of medium
Tween 80 Solarbio T8360 Salt solution of medium
Valeric Sigma-Aldrich 75054 Standard sample for SCFA
Vitamin K1 Sigma-Aldrich V3501 The component of medium
Vortex oscillator Scientific Industries Vortex.Genie2 Use to vortexing
Yeast Extract Sigma-Aldrich Y1625 The component of medium
ZnSO4.7H2O Sigma-Aldrich Z0251 The component of medium

References

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Hu, Y., Chen, H., Li, P., Li, B., Cao, L., Zhao, C., Gu, Q., Yin, Y. Analysis of Interactions between Endobiotics and Human Gut Microbiota Using In Vitro Bath Fermentation Systems. J. Vis. Exp. (150), e59725, doi:10.3791/59725 (2019).

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