Bu çalışmada, bitkilerden DESI-MSI örnekleri hazırlamak için bir dizi yöntem sunulmuş ve DESI montaj kurulumu, MSI veri toplama ve işleme prosedürü ayrıntılı olarak açıklanmıştır. Bu protokol, bitkilerde uzamsal metabolom bilgisi elde etmek için çeşitli koşullarda uygulanabilir.