В этом исследовании представлен ряд методов подготовки образцов DESI-MSI с заводов, а также подробно описана процедура установки сборки DESI, сбора и обработки данных MSI. Этот протокол может быть применен в нескольких условиях для получения пространственной метаболомной информации в растениях.