Bu protokol, radikal prostatektomi örneklerinden örneklerin toplanmasını kolaylaştırmak için bir yöntemi tanımlar. Amaç, örneklerden alınan doku örneklerini bir Biyobankada saklamadan önce anatomopatolojik kriterlere dayalı olarak haritalamak, karakterize etmek ve mikro-makro diseksiyon yapmaktır.
Taze ve iyi karakterize edilmiş tümör dokusu örneklerinin alınması, yüksek kaliteli “omik” çalışmaların yürütülmesi için kritik öneme sahiptir. Bununla birlikte, bu organın benzersiz doğası ve bu tümörle ilişkili yüksek heterojenlik nedeniyle prostat kanseri (PC) bağlamında özellikle zor olabilir. Öte yandan, önemli doku değişikliklerine neden olmadan numuneleri depolanmadan önce histopatolojik olarak karakterize etmek de ilgi çekici bir zorluktur. Bu bağlamda, rezeke edilen prostat dokusunun anatomopatolojik kriterlere dayalı olarak elde edilmesi, haritalanması, karakterizasyonu ve mikro-diseke edilmesi için yeni bir yöntem sunuyoruz.
Daha önce yayınlanmış protokollerden farklı olarak, bu yöntem prostat örneğinin yapısından ödün vermeden histopatolojik analizi için gereken süreyi azaltır ve bu da cerrahi sınırların değerlendirilmesi için çok önemlidir. Ayrıca, Gleason skoru, öncü lezyonlar (yüksek dereceli prostat intraepitelyal neoplazi – PIN) ve inflamatuar lezyonlar (prostatit) gibi patolojik kriterlerle tanımlanan histolojik tümör alanlarına odaklanarak taze prostat dokusu örneklerinin tanımlanmasını ve mikro-makro diseksiyonunu sağlar. Bu örnekler daha sonra sonraki araştırma analizleri için bir Biyobankada saklanır.
Prostat kanseri (PK) erkeklerdeen sık görülen 2. kanserdir ve dünya çapında 5. önde gelen ölüm nedenidir1. Hasta tedavisi ve prognozu, yüksek Gleason dereceleri ve metastatik tümörlere (%31) kıyasla lokalize ve düşük dereceli tümörlerin (Gleason derece 6) (%99) daha yüksek 5 yıllık sağkalım oranları ile kanıtlandığı gibi, tümörün evrelemesine ve derecelendirilmesine (Gleason skoru) bağlıdır2.
PK lokal nüks ve tedavi başarısızlığı, bu tümör tip3’ün karakteristik yüksek genetik intratümör heterojenliği ile ilişkilendirilmiştir. Ek olarak, PK, bağımsız olarak ortaya çıkabilen veya ortak bir tümör hücresi atasından türetilebilen, farklı morfolojik, histolojik ve moleküler özellikler4 sergileyen birkaç tümör odağına sahip multifokal bir hastalık olarak kabul edilir5. Önceki çalışmalar, tümör evriminin, metastazı teşvik edebilen veya hücre soyunu prostat ile sınırlayabilen spesifik genetik sürücülere dayalı olarak hastalar arasında farklılık gösterdiğini göstermiştir5. Bu nedenle, farklı tümör odaklarının moleküler karakterizasyonu sadece daha doğru bir tanı ve prognoz sağlamak için değil, aynı zamanda hasta için etkili ve kişiselleştirilmiş tedaviyi uyarlamak için de çok önemlidir.
Bu bağlamda, biyomedikal araştırmalar ve bütünleştirici multi-omik yaklaşımlar, kanserleri farklı alt tiplere ayırmak, tanısal ve prognostik biyobelirteçleri tanımlamak ve tedavi yanıtı ile ilgili belirteçleri keşfetmek için benzeri görülmemiş fırsatlar sunmaktadır. Ayrıca, bu yaklaşımlar bu hastalığın biyolojisinin daha iyi anlaşılmasına katkıda bulunur 6,7. Biyolojik örnekler, ister dokular ister biyosıvılar olsun, kanser patofizyolojisinin altında yatan biyolojik özellikleri ortaya çıkarmak ve böylece genetik ve fenotipik heterojenite ile ilgili mevcut sınırlamaları ele almak için çeşitli multi-omik platformlar (genomik, transkriptomik, proteomik, metabolomik vb.) kullanılarak analiz edilebilir6. Bununla birlikte, omik çalışmalardan elde edilen verilerin kalitesinin, tümörlerden toplanan örneklerin kalitesine, bunların doğru karakterizasyonuna ve müteakip işleme ve depolamaya bağlı olduğunu göz önünde bulundurmak önemlidir8.
Bu bağlamda, araştırma için taze PC dokusu elde etmek, başarılı tümör örneklemesinin zorluğu nedeniyle metodolojik bir zorluk teşkil etmektedir9. Önceki yöntemler radikal prostatektomiyi takiben rastgele örneklemeyi içeriyordu ve kötü sonuçlar veriyordu10. Bununla birlikte, daha yeni yaklaşımlar, hem manyetik rezonans görüntüleme (MRG) hem de biyopsi verilerine dayanan hedefli protokolleri içerir ve bu da tümör örneği toplamada etkinliğin artmasına neden olur11.
Öte yandan, örneklerin saklanmadan önce önemli doku değişikliği olmadan histopatolojik karakterizasyonu da ilginç bir zorluk teşkil etmektedir. Sonuç olarak, birçok durumda, numunelerin histopatolojik tayini, analizlerinden sonra gerçekleştirilir (örneğin, HR 1H NMR metabolomik analizi)12. Bu uygulama, gereksiz masraflara, zaman tüketimine ve sonunda analizden çıkarılan önemli sayıda numunenin kaybına neden olur (örneğin, histopatolojik analizin ardından tümör numunesi olmadığı ortaya çıkan numuneler). Diğer durumlarda, numunelerin histopatolojik karakterizasyonu analizlerinden önce gerçekleştirilir. Aslında, önceki bazı çalışmalar, genomik ve metabolomik için radikal prostatektomi örneklerinden temsili yüksek kaliteli araştırma örnekleri sağlamak için yöntemleri standartlaştırmaya çalışmıştır13,14. Bununla birlikte, dokuyu bozan histolojik olarak doğrulanmış bölümlerden (%88) gerçekleştirildiğinde, doğrulanmamış bölümlerden (%45) yapıldığında örnekleme verimliliği önemli ölçüde daha yüksektir1.
Burada, bu sınırlamaların üstesinden gelmek için, Biyobanka’da depolanmadan önce taze ve iyi karakterize edilmiş PC örnekleri elde etmeyi amaçlayan yeni bir metodoloji sunulmaktadır. Bu yöntem, farklı klinik hizmetler (Üroloji, Patoloji ve La Fe Hastanesi Biyobankası) arasındaki ortak çabalarla geliştirilmiştir. Biyobankaların biyolojik numunelerin toplanması, işlenmesi, korunması ve saklanmasında önemli bir rol oynadığını ve aynı zamanda numunelerin ve verilerin yüksek kalitesinin yanı sıra etik ve yasal gerekliliklere uyumu sağladığını vurgulamak önemlidir 8,15,16.
Herhangi bir araştırma çalışmasında, sistematik önyargıları azaltmak ve güvenilir sonuçlar elde etmek için kaliteli örnekler elde etmek temel bir gerekliliktir22. Bu nedenle, numunelerin işlendiği ve saklandığı sıcaklık, numune alımından depolamaya kadar geçen süre, sterilize edilmiş malzemelerin kullanımı veya koruyucu veya diğer katkı maddelerinin eklenmesinin numuneler üzerinde yaratabileceği etkiler gibi preanalitik değişkenlerin kontrolü, biyolojik numuneleri…
The authors have nothing to disclose.
AL, bir “Margarita Salas” doktora sonrası sözleşmesini (21-076 numaralı) ve MAM-T’yi bir ‘Maria Zambrano’ araştırma sözleşmesini (numara MAZ/2021/03 UP2021-021) kabul eder. Her iki sözleşme de Avrupa Birliği-Yeni nesil AB tarafından finanse edilmiştir.
Cadiere forceps | Intuitive | PN1052082-US 10/2021 | Part number: 471049. 18 uses. |
Conventional slides | Knittel Glass | 2021 | Ground/ Frosted end |
Cryostat microtome | Thermo Fisher Scientific | — | Criostato CryoStar NX50 |
Cryotubes | Greiner Bio-One GmbH | Ref.: 122280. | CRYO S. PP, with screw cap, sterile. |
Da Vinci surgical system | Intuitive | PN1052082-US 10/2021 | XI model |
Dissection instruments | Bayer | — | Two tweezers and a surgical blade |
DPX Eukitt | Medizin- und Labortechnik GmbH | 6.00.01.0001.06.01.01 | |
Eosin | Agilent | 157252 | |
Fenestrated bipolar forceps | Intuitive | PN1052082-US 10/2021 | Part number: 471205. 14 lives. |
Force bipolar | Intuitive | PN1052082-US 10/2021 | Part number: 471405. 12 uses. |
Freezers | Thermo Scientific | MODEL 907. -80 ºC | |
Hematoxylin | Agilent | 157251 | |
Inmunohistochemistry Slides | Agilent-Dako | K802021-2 | |
Large needle driver | Intuitive | PN1052082-US 10/2021 | Part number: 471006. 15 uses. |
Maryland bipolar forceps | Intuitive | PN1052082-US 10/2021 | Part number: 471172. 14 uses. |
Microscope | Olympus | — | Olympus cx40 |
Microtome blades | PFM Medical | a35 | |
Monopolar curved scissors | Intuitive | PN1052082-US 10/2021 | Part number: 470179. 10 uses. |
OCT compound | NEG-50 | LOT.117340 | |
PlusSpeed S Single-use Biopsy Device with beveled tip | Peter Pflugbeil GmbH | PSS-1825-S | |
ProGasp forceps | Intuitive | PN1052082-US 10/2021 | Part number: 471093. 18 uses. |
Sample holder Disc | Davidson Cryo Chuck. BradleyProducts | 30 mm | |
Tissue ink | Pelikan | 2021 | Ink 4001 brilliant black (301168) |
Xylol | Quimipur | Ref. 169 |