DNA – النظائر مستقرة تحقق هو أسلوب زراعة مستقل لتحديد وتوصيف المجتمعات النشطة من الكائنات الحية الدقيقة التي هي قادرة على الاستفادة من ركائز محددة. استيعاب الركيزة المخصب في النظائر الثقيلة يؤدي إلى دمج ذرات المسمى في الكتلة الحيوية الميكروبية. الكثافة تنبيذ فائق التدرج يسترد الحمض النووي المسمى لتحاليل جزيئية المصب.
DNA – النظائر مستقرة تحقق (DNA – SIP) هو أسلوب قوي للتعرف على الميكروبات النشطة التي ركائز استيعاب الكربون والمواد الغذائية ولا سيما في الكتلة الخلوية. على هذا النحو ، وقد تم زراعة هذه التقنية المستقلة منهجية هامة لإسناد وظيفة التمثيل الغذائي للمجتمعات التي تسكن مجموعة متنوعة واسعة من البيئات البرية والمائية. بعد حضانة عينة بيئية مستقرة ، مع النظائر المركبات المسمى ، يخضع لاستخراج الحمض النووي تنبيذ فائق التدرج الكثافة واللاحقة تجزيء متدرجة لفصل الأحماض النووية للكثافات مختلفة. باسترداد المسمى تنقية الحمض النووي من كلوريد السيزيوم ولا تحمل علامات الحمض النووي لالتوصيف الجزيئي لاحقة (مثل بصمات الأصابع ، ميكروأرس والمكتبات استنساخ ، metagenomics). إن الرب الفيديو هذا البروتوكول يوفر البصرية خطوة بخطوة تفسيرات للبروتوكول للتجزيء الكثافة تنبيذ فائق التدرج التدرج ، والانتعاش من الحمض النووي المسمى. البروتوكول يتضمن أيضا نموذج بيانات المسبار ويسلط الضوء على النصائح الهامة ويحذر التي يجب مراعاتها لضمان نجاح المسبار الحمض النووي التحليل.
التصميم السليم للنظائر مستقرة ، يحقق التجارب ذات أهمية حاسمة للحصول على الحمض النووي المسمى أعلاه المجتمع الخلفية لا تحمل علامات. وقد نوقشت الاعتبارات المتصلة عينة مرات الحضانة ، وتركيزات الركيزة ، وشروط الحضانة (المواد الغذائية على سبيل المثال ، رطوبة التربة) ، عب?…
The authors have nothing to disclose.
وأيد هذا العمل عن طريق المنح والمشاريع الاستراتيجية لاكتشاف JDN من العلوم الطبيعية والهندسة مجلس البحوث كندا (NSERC).
Material Name | Type | Company | Catalogue Number | Comment |
---|---|---|---|---|
Bromophenol Blue | Reagent | Fisher Scientific | BP115-25 | |
Cesium chloride | Reagent | Fisher Scientific | BP210-500 | |
Ethanol, reagent grade | Reagent | Sigma-Aldrich | 652261 | |
Ethidium bromide | Reagent | Sigma-Aldrich | E1510 | |
Hydrochloric acid | Reagent | Fisher Scientific | 351285212 | |
Linear polyacrylamide | Reagent | Applichem | A6587 | |
Polyethylene Glycol 6000 | Reagent | VWR | CAPX1286L-4 | |
Potassium Chloride | Reagent | Fisher Scientific | AC42409-0010 | |
Sodium Chloride | Reagent | Fisher Scientific | S2711 | |
Sodium Hydroxide pellets | Reagent | Fisher Scientific | S3181 | |
Tris base | Reagent | Fisher Scientific | BP1521 | |
Dark Reader | Equipment | Clare Chemical | DR46B | |
Microcentrifuge | Equipment | Eppendorf | 5424 000.410 | |
Nanodrop 2000 | Equipment | Fisher Scientific | 361013650 | |
Infusion pump | Equipment | Braintree Scientific | N/A | Model Number: BSP See www.braintreesci.com for ordering details. |
Tube sealer | Equipment | Beckman-Coulter | 358312 | |
Ultracentrifuge | Equipment | Beckman-Coulter | ||
Ultracentrifuge rotor | Equipment | Beckman-Coulter | 362754 | |
Ultraviolet light source | Equipment | UVP Inc. | 95-0017-09 | Any UV source will suffice |
Ultraviolet light face shield | Equipment | Fisher Scientific | 114051C | |
Butyl rubber stoppers, gray | Material | Sigma-Aldrich | 27232 | |
Centrifuge tubes | Material | Beckman-Coulter | 342412 | |
Hypodermic needle, 23 gauge, 2” length | Material | BD | 305145 | |
Microfuge tubes, 1.5 mL | Material | DiaMed | AD151-N500 | |
Open center seals, 20 mm diameter | Material | Sigma-Aldrich | 27230-U | |
Pasteur pipettes, glass | Material | Fisher Scientific | 13-678-6C | |
Pipet tips | Material | DiaMed | BPS340-1000 | Catalogue number is for 200 μl tips. 10 or 20 μl tips may be purchased from the same source |
Pump tubing 1.5 mm bore x 1.5 mm wall | Material | Appleton Woods | ||
Screw-cap tubes, 15 mL | Material | DiaMed | AD15MLP-S | |
Serum vials, 125 mL volume | Material | Sigma-Aldrich | Z114014 | |
Syringe, 60 mL | Material | BD | 309653 |