Настоящий протокол разрабатывает основанный на изображениях метод быстрого, неразрушающего и безметочного измерения плотности и жизнеспособности региональных клеток в 3D-опухолевых агрегатах. Результаты показали градиент плотности клеток с более высокой плотностью клеток в основных областях, чем во внешних слоях в развивающихся агрегатах, и преимущественно периферической гибелью клеток в агрегатах HER2+, обработанных Трастузумабом.