Journal
/
Immunology and Infection
/
Высокопроизводительный анализ транскриптома для исследования взаимодействий хозяина и патогена
JoVE Journal
Immunology and Infection
Author Produced
A subscription to JoVE is required to view this content.  Sign in or start your free trial.
JoVE Journal Immunology and Infection
High-Throughput Transcriptome Analysis for Investigating Host-Pathogen Interactions
Please note that all translations are automatically generated. Click here for the English version.

Высокопроизводительный анализ транскриптома для исследования взаимодействий хозяина и патогена

DOI:
10.3791/62324-v

•

14:58 min

•

March 05, 2022

•

, , , , ,
1Laboratory of Pathology of Infectious Diseases, Department of Pathology, Medical School,University of São Paulo, 2Scientific Platform Pasteur USP, 3Department of Clinical and Toxicological Analyses, School of Pharmaceutical Sciences,University of São Paulo, 4Hospital Israelita Albert Einstein

Chapters

  • 00:07Introduction
  • 01:15Docker Desktop Installation
  • 04:25Quality Control
  • 05:10Mapping and Annotation Steps
  • 05:51Differentially Expressed Genes Process
  • 06:10Transfer Data to the Personal Computer
  • 12:02Representative Results
  • 14:22Conclusions

Summary

Automatic Translation

Automatic Translation

Протокол, представленный здесь, описывает полный конвейер для анализа данных транскриптома РНК-секвенирования от необработанных считываний до функционального анализа, включая контроль качества и этапы предварительной обработки для передовых статистических аналитических подходов.

Tags

– High-throughput Transcriptome Analysis- Host-pathogen Interactions- Quality Control- Sequencing And Annotations- Statistical And Co-expression Analysis- Molecular Degree Of Perturbation Analysis- Functional Analysis- Docker Container- Chikungunya Virus- RNA Sequencing- Reference Genome- Gene Annotation

Article

Embed

ADD TO PLAYLIST

Usage Statistics

Related Videos

Использование оптической ловушки для изучения хост-Возбудитель Взаимодействие для динамических изображений Живая сотовый

Использование EpiAirway модель Характеризуя Долгосрочные хост-возбудителя Взаимодействия

Высокая пропускная способность Метод обнаружения для вируса гриппа

Количественные высокой пропускной Single-клеточной цитотоксичности анализа для Т-клеток

Сравнительный подход к характеризации Пейзаж хозяин-патоген белок-белковых взаимодействий

Высокопроизводительный скрининг для широкого спектра химических ингибиторов РНК-содержащих вирусов

Высокая пропускная способность гена Tagging в<em> Trypanosoma brucei</em

Новый метод для качественного многомасштабном анализа Бактериальный биопленок на нитчатых конидий с помощью конфокальной и электронной микроскопии

Оценка хост возбудитель ответы и эффективность вакцины в мышей

Высокая пропускная мощность Ко-культуры Анализы для исследования микробных взаимодействий

Read Article