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Isolamento dei nuclei da tumori cerebrali freschi congelati per RNA-seq a nucleo singolo e ATAC-seq
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1Neurology Clinic and National Center for Tumor Diseases,University Hospital Heidelberg, 2Bioinformatics and Omics Data Analytics,German Cancer Research Center (DKFZ), 3Clinical Cooperation Unit Neurooncology,German Cancer Research Center (DKFZ), 4Division of Experimental Neurosurgery, Department of Neurosurgery,University of Heidelberg, INF 400, Heidelberg, Germany
Chapters
- 00:04Introduction
- 01:01Tissue Dissection and Dissociation
- 03:20Gradient Centrifugation and Isolation of Nuclei
- 04:56Results: Comparison of UMIs and Genes Obtained from Different Human Brain snRNA-seq Datasets
- 05:57Conclusion
L'eterogeneità intratumorale è una caratteristica intrinseca dei tumori, compresi i gliomi. Abbiamo sviluppato un protocollo semplice ed efficiente che utilizza una combinazione di tamponi e centrifugazione a gradiente per isolare singoli nuclei da tessuti di glioma freschi congelati per studi di sequenziamento di RNA a nucleo singolo e ATAC.
