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Kernisolierung aus frischen gefrorenen Hirntumoren für Einzelkern-RNA-seq und ATAC-seq
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1Neurology Clinic and National Center for Tumor Diseases,University Hospital Heidelberg, 2Bioinformatics and Omics Data Analytics,German Cancer Research Center (DKFZ), 3Clinical Cooperation Unit Neurooncology,German Cancer Research Center (DKFZ), 4Division of Experimental Neurosurgery, Department of Neurosurgery,University of Heidelberg, INF 400, Heidelberg, Germany
Chapters
- 00:04Introduction
- 01:01Tissue Dissection and Dissociation
- 03:20Gradient Centrifugation and Isolation of Nuclei
- 04:56Results: Comparison of UMIs and Genes Obtained from Different Human Brain snRNA-seq Datasets
- 05:57Conclusion
Intratumorale Heterogenität ist ein inhärentes Merkmal von Tumoren, einschließlich Gliomen. Wir haben ein einfaches und effizientes Protokoll entwickelt, das eine Kombination aus Puffern und Gradientenzentrifugation verwendet, um einzelne Kerne aus frischem gefrorenem Gliomgewebe für Einzelkern-RNA- und ATAC-Sequenzierungsstudien zu isolieren.
