מפעלים תעתיק ויראלי הם מבנים בדידים מועשר עם הסלולר RNA פולימראז II כדי להגדיל את שעתוק גנים ויראליים במהלך הפעלה מחדש. . הנה, מתוארת שיטה לאיתור אתרים של פעיל תעתיק כרומטין ויראלי במרחב תלת-ממדי גרעינית על ידי שילוב של immunofluorescence מכתים, בחיי עיר RNA הכלאה.