Virale transcriptionele fabrieken zijn discrete structuren die zijn verrijkt met cellulaire RNA polymerase II te verhogen van virale gen transcriptie tijdens reactivering. Hier, wordt een methode om te vinden sites van actief het transcriberen van virale chromatine in 3D-nucleaire ruimte door een combinatie van immunofluorescentie kleuring en in situ hybridisatie van RNA beschreven.