تحليل بروتيوم من الظهارة الحسية قوقعة يمكن أن يكون تحديا نظرا لصغر حجمها ولأن البروتينات الغشاء يصعب عزل والتعرف عليها. ويمكن تحديد كل من الغشاء وبروتينات قابلة للذوبان عن طريق الجمع بين أساليب وتقنيات متعددة إعدادي فصل جنبا إلى جنب مع عالية الدقة قياس الطيف الكتلي.