Skuamöz olmayan küçük hücreli dışı akciğer kanseri (NS-NSCLC) bakım yönetimi için test edilecek moleküler biyobelirteçlerin artması, hızlı ve güvenilir moleküler tespit yöntemlerinin geliştirilmesine yol açmıştır. NS-KHDAK hastaları için genomik değişiklik değerlendirmesi için ultra hızlı yeni nesil dizileme (NGS) yaklaşımı kullanan bir iş akışı tanımlıyoruz.
Skuamöz olmayan küçük hücreli dışı akciğer kanseri (NS-KHDAK) hastalarının hedefe yönelik tedavisi için test edilecek moleküler değişikliklerin sayısı son birkaç yılda önemli ölçüde artmıştır. Moleküler anormalliklerin saptanması, ileri veya metastatik NS-KHDAK hastalarının optimal bakımı için zorunludur ve hedefe yönelik tedavilerin genel sağkalımda bir iyileşme ile uygulanmasına izin verir. Bununla birlikte, bu tümörler, yeni tedaviler kullanılarak potansiyel olarak hedeflenebilen direnç mekanizmaları geliştirir. Bazı moleküler değişiklikler de tedavi yanıtını modüle edebilir. NS-NSCLC’nin moleküler karakterizasyonu, uluslararası kılavuzların önerdiği gibi, 10 iş gününden daha kısa bir sürede kısa bir geri dönüş süresinde (TAT) gerçekleştirilmelidir. Ek olarak, genomik analiz için doku biyopsilerinin kökeni çeşitlidir ve daha az invaziv yöntem ve protokollerin geliştirilmesiyle boyutları sürekli olarak azalmaktadır. Sonuç olarak, patologlar etkili ve hızlı bir tanı stratejisi sürdürürken etkili moleküler teknikler uygulamak zorunda kalmaktadırlar. Burada, NS-KHDAK hastaları için tanıda günlük rutin uygulamada kullanılan ultra hızlı amplikon tabanlı yeni nesil dizileme (NGS) iş akışını açıklıyoruz. Bu sistemin torasik onkolojide hassas tıpta kullanılan mevcut moleküler hedefleri uygun bir TAT’ta tanımlayabildiğini gösterdik.
Son on yılda, hedefe yönelik ve immüno-tedavilerin geliştirilmesi, skuamöz olmayan küçük hücreli dışı akciğer kanserinin (NS-NSCLC) genel sağkalımını (OS) önemli ölçüde artırmıştır1,2. Bu bağlamda, NS-KHDAK tedavisinde analiz edilmesi gereken zorunlu genlerin ve moleküler hedeflerin sayısı son birkaç yılda artmıştır 3,4.
Mevcut uluslararası kılavuzlar, ileri NS-NSCLC5 tanısında EGFR, ALK, ROS1, BRAF, NTRK, RET ve MET’in test edilmesini önermektedir. Ayrıca, yeni ilaçlar son zamanlarda klinik çalışmalarda çok umut verici sonuçlar verdiğinden, ek genomik değişiklikler kısa süre içinde BRAC1 / BRAC2, PI3KA, NRG1 ve NUT 6,7,8,9 ile birlikte KRAS ve HER2 olmak üzere bir dizi ek gende taranacaktır. Ek olarak, STK11, KEAP1 ve TP53 gibi farklı ilişkili genlerin durumu, bazı hedefe yönelik tedavilere ve/veya bağışıklık kontrol noktası inhibitörlerine (ICI’ler) yanıtın veya direncin daha iyi tahmin edilmesi için güçlü bir ilgi alanı olabilir10,11,12.
Daha da önemlisi, dikkatli klinik karar vermeyi sağlamak için moleküler değişiklikler önemli bir gecikme olmaksızın rapor edilmelidir. Bir tümörün moleküler karakterizasyonunun olmaması, immünoterapili / immünoterapisiz kemoterapi gibi hedefe yönelik olmayan tedavilerin başlatılmasına yol açabilir ve bu da EGFR mutasyonları veya gen füzyonları gibi eyleme geçirilebilir değişiklikleri olan hastalarda kemoterapi yanıtı sınırlı olduğundan, optimal olmayan bir tedavi stratejisine yol açabilir13.
Ayrıca, neoadjuvan ve/veya adjuvan ortamlarda hedefe yönelik tedavilerin/immünoterapilerin mevcut gelişimi, en azından erken evre NS-KHDAKT’de EGFR ve ALK değişikliklerinin sistematik olarak aranmasına yol açabilir, çünkü ICI’ler sadece EGFR ve ALK14 için vahşi tip tümörlerde uygulanmalıdır. Osimertinib (üçüncü nesil bir EGFR tirozin kinaz inhibitörü) EGFR-mutant NS-NSCLC15’te adjuvan tedavi olarak kullanılabildiğinden, erken evre NS-NSCLC’de EGFR mutasyonlarının varlığını test etmek de zorunludur.
NS-KHDAK hastalarında farklı hedefe yönelik tedavilere ve/veya immünoterapilere yanıtı tahmin etmede farklı biyobelirteçlerin değerlendirilmesi stratejisi hızlı ilerlemektedirve bu da bu biyobelirteçlerin tanımlanmasını sırayla zorlaştırmaktadır 3,16. Bu bağlamda, Yeni Nesil Dizileme (NGS), NS-NSCLC 5,17’deki gen değişikliklerinin yüksek verimli paralel değerlendirmesi için artık en uygun yaklaşımdır.
Bununla birlikte, NGS iş akışında ustalaşmak zor olabilir ve daha uzun TAT18,19’a kadar sürebilir. Bu nedenle, birçok merkez hala sıralı yaklaşımlar (immünohistokimya (IHC), floresan in situ hibridizasyon (FISH) ve/veya hedefe yönelik dizileme) uygulamaktadır. Bununla birlikte, bu strateji, küçük örneklem büyüklüğü durumunda ve hepsinden önemlisi, NS-NSCLC20’de test edilmesi gereken eyleme geçirilebilir mutasyon sayısının artması nedeniyle sınırlıdır. Bu nedenle, gen değişikliklerinin hızlı bir şekilde değerlendirilmesine izin veren ultra hızlı ve basit test yöntemleri, optimal klinik karar verme için giderek daha önemli hale gelmiştir. Ayrıca, moleküler testler için onaylanmış ve akredite edilmiş sistemler, spesifik hedefe yönelik tedavilerin reçetelenmesi için zorunlu hale gelmektedir.
Burada, Fransa’daki Nice Üniversite Hastanesi Klinik ve Deneysel Patoloji Laboratuvarı (LPCE) Laboratuvarı’nda kullanılan ve Fransız Akreditasyon Komitesi (COFRAC) (https://www.cofrac.fr/) tarafından ISO 15189 normuna göre akredite edilen NS-NSCLC’nin moleküler testi için ultra hızlı ve otomatik amplikon tabanlı bir DNA/RNA NGS testini açıklıyoruz. COFRAC, laboratuvar tarafından gerçekleştirilen panel ile bir dizileyici üzerinde otomatik NGS’de moleküler analizde test/kalibrasyon faaliyetleri için laboratuvarın ISO 15189 standardının gerekliliklerini ve COFRAC uygulama kurallarını yerine getirdiğini onaylar. Tanınmış uluslararası ISO 15189 standardına göre akreditasyon, laboratuvarın tanımlanmış bir kapsam için teknik yeterliliğini ve bu laboratuvarda uygun bir yönetim sisteminin düzgün bir şekilde işletildiğini gösterir. Doku biyopsi örneklerinin hazırlanmasından başlayarak raporun alınmasına kadar bu iş akışının yararları ve sınırlamaları tartışılmaktadır.
NS-NSLC’nin herhangi bir evresinde tanı konulduğunda moleküler değişiklik değerlendirmesi için refleks testi olarak ultra hızlı amplikon tabanlı bir NGS yaklaşımının geliştirilmesi, NS-NSCLC 5,22,23’te kılavuz tarafından önerilen ve ortaya çıkan tüm biyobelirteçlerin saptanması için en uygun seçenektir. Ardışık yöntemler (IHC, PCR, FISH) yalnızca belirli genlere odaklanır ve doku materyalinin tüke…
The authors have nothing to disclose.
Thermo Fisher Scientific’e bize cihazlarını ve malzemelerini kullanma imkanı verdiği için teşekkür ederiz.
96 well hard shell plate clear | Thermo Fisher Scientific (Waltham, Massachusetts, USA) | 4483354 | |
Adhesive PCR Plate Foil | Thermo Fisher Scientific (Waltham, Massachusetts, USA) | AB0626 | |
AutoLys M tube | Thermo Fisher Scientific (Waltham, Massachusetts, USA) | A38738 | FFPE sample processing tubes |
Genexus Barcodes 1-32 HD | Thermo Fisher Scientific (Waltham, Massachusetts, USA) | A40261 | |
Genexus GX5 Chip and Genexus Coupler | Thermo Fisher Scientific (Waltham, Massachusetts, USA) | A40269 | |
Genexus Pipette Tips | Thermo Fisher Scientific (Waltham, Massachusetts, USA) | A40266 | |
Genexus Purification Instrument | Thermo Fisher Scientific (Waltham, Massachusetts, USA) | A48148 | Automated purification instrument (API) |
Genexus Sequencing Kit | Thermo Fisher Scientific (Waltham, Massachusetts, USA) | A40271 | |
Genexus Templating Strips 3-GX5 and 4 | Thermo Fisher Scientific (Waltham, Massachusetts, USA) | A40263 | |
Genexus Integrated Sequencer | Thermo Fisher Scientific (Waltham, Massachusetts, USA) | A45727 | |
Ion Torrent Genexus FFPE DNA/RNA Purification Combo Kit | Thermo Fisher Scientific (Waltham, Massachusetts, USA) | A45539 | |
Oncomine Precision Assay GX (OPA) Panel (included Strips 1 and 2-HD) | Thermo Fisher Scientific (Waltham, Massachusetts, USA) | A46291 |