دفعت زيادة المؤشرات الحيوية الجزيئية التي سيتم اختبارها لإدارة رعاية سرطان الرئة ذو الخلايا غير الحرشفية غير الصغيرة (NS-NSCLC) إلى تطوير طرق سريعة وموثوقة للكشف الجزيئي. نحن نصف سير عمل لتقييم التغيير الجينومي لمرضى NS-NSCLC باستخدام نهج تسلسل الجيل التالي فائق السرعة (NGS).
زاد عدد التعديلات الجزيئية التي سيتم اختبارها للعلاج الموجه لمرضى سرطان الرئة ذو الخلايا غير الحرشفية غير الصغيرة (NS-NSCLC) بشكل كبير في السنوات القليلة الماضية. يعد اكتشاف التشوهات الجزيئية إلزاميا للرعاية المثلى لمرضى NS-NSCLC المتقدمين أو النقيلي ، مما يسمح بإدارة العلاجات المستهدفة مع تحسين البقاء على قيد الحياة بشكل عام. ومع ذلك ، فإن هذه الأورام تطور آليات مقاومة يمكن استهدافها باستخدام علاجات جديدة. يمكن لبعض التغيرات الجزيئية أيضا تعديل استجابة العلاج. يجب إجراء التوصيف الجزيئي ل NS-NSCLC في وقت قصير (TAT) ، في أقل من 10 أيام عمل ، على النحو الموصى به في المبادئ التوجيهية الدولية. بالإضافة إلى ذلك ، فإن أصل خزعات الأنسجة للتحليل الجينومي متنوع ، ويتناقص حجمها باستمرار مع تطوير طرق وبروتوكولات أقل توغلا. وبالتالي ، يواجه أخصائيو علم الأمراض تحديا لأداء تقنيات جزيئية فعالة مع الحفاظ على استراتيجية تشخيص فعالة وسريعة. هنا ، نصف سير عمل تسلسل الجيل التالي (NGS) فائق السرعة القائم على amplicon المستخدم في الممارسة الروتينية اليومية عند التشخيص لمرضى NS-NSCLC. لقد أظهرنا أن هذا النظام قادر على تحديد الأهداف الجزيئية الحالية المستخدمة في الطب الدقيق في علم الأورام الصدري في TAT مناسب.
على مدى العقد الماضي ، أدى تطوير العلاجات المستهدفة والمناعية إلى زيادة كبيرة في البقاء على قيد الحياة بشكل عام (OS) لسرطان الرئة ذو الخلايا غير الحرشفية غير الصغيرة (NS-NSCLC) 1,2. في هذا الصدد ، زاد عدد الجينات الإلزامية والأهداف الجزيئية التي يجب تحليلها عند معالجة NS-NSCLC خلال السنوات القليلة الماضية 3,4.
توصي الإرشادات الدولية الحالية باختبار EGFR و ALK و ROS1 و BRAF و NTRK و RET و MET عند تشخيص NS-NSCLC5 المتقدم. علاوة على ذلك ، نظرا لأن الأدوية الجديدة أعطت مؤخرا نتائج واعدة للغاية في التجارب السريرية ، سيتم قريبا فحص تعديلات جينومية إضافية في عدد من الجينات الإضافية ، ولا سيما KRAS و HER2 ، جنبا إلى جنب مع BRAC1 / BRAC2 و PI3KA و NRG1 و NUT6،7،8،9. بالإضافة إلى ذلك ، قد تكون حالة الجينات المرتبطة المختلفة ، مثل STK11 و KEAP1 و TP53 ذات أهمية قوية للتنبؤ بشكل أفضل بالاستجابة أو المقاومة لبعض العلاجات المستهدفة و / أو مثبطات نقاط التفتيش المناعية (ICIs)10،11،12.
الأهم من ذلك ، يجب الإبلاغ عن التغيرات الجزيئية دون تأخير كبير لضمان اتخاذ القرارات السريرية بعناية. قد يؤدي غياب التوصيف الجزيئي للورم إلى بدء علاجات غير مستهدفة مثل العلاج الكيميائي مع / بدون علاج مناعي ، مما يؤدي إلى استراتيجية علاج دون المستوى الأمثل ، حيث أن استجابة العلاج الكيميائي محدودة في المرضى الذين يعانون من تغيرات قابلة للتنفيذ ، مثل طفرات EGFR أو اندماج الجينات13.
علاوة على ذلك ، فإن التطوير الحالي للعلاجات المستهدفة / العلاجات المناعية في الإعدادات المساعدة الجديدة و / أو المساعدة يمكن أن يؤدي إلى البحث بشكل منهجي ، على الأقل ، عن تغييرات EGFR و ALK في المرحلة المبكرة من NS-NSCLC حيث يجب إعطاء ICIs فقط في الأورام البرية ل EGFR و ALK14. أصبح الآن إلزاميا أيضا اختبار وجود طفرات EGFR في المرحلة المبكرة من NS-NSCLC ، حيث يمكن استخدام osimertinib (الجيل الثالث من مثبطات EGFR التيروزين كيناز) كعلاج مساعد في NS-NSCLC15 المتحور EGFR.
تتحرك استراتيجية تقييم المؤشرات الحيوية المختلفة في التنبؤ بالاستجابة للعلاجات المستهدفة المختلفة و / أو العلاجات المناعية لدى مرضى NS-NSCLC بسرعة ، مما يجعل تحديد هذه المؤشرات الحيوية أمرا صعبا بالتتابع 3,16. في هذا الصدد ، يعد تسلسل الجيل التالي (NGS) الآن هو النهج الأمثل للتقييم المتوازي عالي الإنتاجية للتغيرات الجينية في NS-NSCLC 5,17.
ومع ذلك ، قد يكون من الصعب إتقان سير عمل NGS وقد يستمر لفترة أطولTAT 18,19. وبالتالي ، لا تزال العديد من المراكز تؤدي مناهج متسلسلة (الكيمياء الهيستولوجية المناعية (IHC) ، التهجين الفلوري في الموقع (FISH) و / أو التسلسل المستهدف). ومع ذلك ، فإن هذه الاستراتيجية محدودة في حالة صغر حجم العينة ، وقبل كل شيء ، بسبب زيادة عدد الطفرات القابلة للتنفيذ المطلوب اختبارها في NS-NSCLC20. وبالتالي ، أصبحت طرق الاختبار فائقة السرعة والمباشرة التي تسمح بالتقييم السريع للتغيرات الجينية ذات أهمية متزايدة لاتخاذ القرارات السريرية المثلى. علاوة على ذلك ، أصبحت الأنظمة المعتمدة والمعتمدة للاختبار الجزيئي إلزامية لوصف علاجات مستهدفة محددة.
هنا ، نصف مقايسة DNA / RNA NGS فائقة السرعة والآلية القائمة على amplicon للاختبار الجزيئي ل NS-NSCLC المستخدم في مختبر مختبر علم الأمراض السريري والتجريبي (LPCE) ، مستشفى جامعة نيس ، فرنسا وهو معتمد وفقا لمعيار ISO 15189 من قبل لجنة الاعتماد الفرنسية (COFRAC) (https://www.cofrac.fr/). تشهد COFRAC بأن المختبر يفي بمتطلبات قواعد تطبيق ISO 15189 و COFRAC القياسية لأنشطة الاختبار / المعايرة في التحليل الجزيئي في NGS الآلي على جهاز التسلسل مع اللوحة التي يقوم بها المختبر. يوضح الاعتماد وفقا للمعيار الدولي المعترف به ISO 15189 الكفاءة الفنية للمختبر لنطاق محدد والتشغيل السليم لنظام إدارة مناسب في هذا المختبر. تتم مناقشة فوائد وقيود سير العمل هذا ، بدءا من إعداد عينات خزعة الأنسجة إلى الحصول على التقرير.
يعد تطوير نهج NGS فائق السرعة القائم على amplicon كاختبار منعكس لتقييم التغيير الجزيئي عند تشخيص أي مرحلة NS-NSLC خيارا مثاليا للكشف عن جميع المؤشرات الحيوية الموصى بها والناشئة في NS-NSCLC5،22،23. في حين أن الطرق المتسلسلة (IHC ، PCR ، FISH) تركز فقط على جينا…
The authors have nothing to disclose.
نشكر Thermo Fisher Scientific لمنحنا إمكانية استخدام أجهزتهم وموادهم.
96 well hard shell plate clear | Thermo Fisher Scientific (Waltham, Massachusetts, USA) | 4483354 | |
Adhesive PCR Plate Foil | Thermo Fisher Scientific (Waltham, Massachusetts, USA) | AB0626 | |
AutoLys M tube | Thermo Fisher Scientific (Waltham, Massachusetts, USA) | A38738 | FFPE sample processing tubes |
Genexus Barcodes 1-32 HD | Thermo Fisher Scientific (Waltham, Massachusetts, USA) | A40261 | |
Genexus GX5 Chip and Genexus Coupler | Thermo Fisher Scientific (Waltham, Massachusetts, USA) | A40269 | |
Genexus Pipette Tips | Thermo Fisher Scientific (Waltham, Massachusetts, USA) | A40266 | |
Genexus Purification Instrument | Thermo Fisher Scientific (Waltham, Massachusetts, USA) | A48148 | Automated purification instrument (API) |
Genexus Sequencing Kit | Thermo Fisher Scientific (Waltham, Massachusetts, USA) | A40271 | |
Genexus Templating Strips 3-GX5 and 4 | Thermo Fisher Scientific (Waltham, Massachusetts, USA) | A40263 | |
Genexus Integrated Sequencer | Thermo Fisher Scientific (Waltham, Massachusetts, USA) | A45727 | |
Ion Torrent Genexus FFPE DNA/RNA Purification Combo Kit | Thermo Fisher Scientific (Waltham, Massachusetts, USA) | A45539 | |
Oncomine Precision Assay GX (OPA) Panel (included Strips 1 and 2-HD) | Thermo Fisher Scientific (Waltham, Massachusetts, USA) | A46291 |