העלייה של סמנים ביולוגיים מולקולריים להיבדק עבור סרטן ריאה לא קשקשי של תאים לא קטנים (NS-NSCLC) ניהול הטיפול הניע את הפיתוח של שיטות זיהוי מולקולרי מהיר ואמין. אנו מתארים זרימת עבודה להערכת שינויים גנומיים עבור חולי NS-NSCLC באמצעות גישת ריצוף הדור הבא (NGS) מהירה במיוחד.
מספר השינויים המולקולריים שייבדקו לטיפול ממוקד בחולי סרטן ריאות מסוג תאים לא קטנים שאינם קשקשיים (NS-NSCLC) גדל משמעותית בשנים האחרונות. זיהוי הפרעות מולקולריות הוא הכרחי לטיפול מיטבי בחולי NS-NSCLC מתקדמים או גרורתיים, ומאפשר מתן טיפולים ממוקדים עם שיפור בהישרדות הכוללת. עם זאת, גידולים אלה מפתחים מנגנוני עמידות שעשויים להיות ממוקדים באמצעות טיפולים חדשניים. שינויים מולקולריים מסוימים יכולים גם לווסת את תגובת הטיפול. האפיון המולקולרי של NS-NSCLC צריך להתבצע בזמן אספקה קצר (TAT), תוך פחות מ-10 ימי עבודה, בהתאם להמלצות ההנחיות הבינלאומיות. בנוסף, מקורן של ביופסיות הרקמה לניתוח גנומי הוא מגוון, וגודלן הולך ופוחת עם התפתחות שיטות ופרוטוקולים פחות פולשניים. כתוצאה מכך, פתולוגים מאותגרים לבצע טכניקה מולקולרית יעילה תוך שמירה על אסטרטגיית אבחון יעילה ומהירה. במאמר זה, אנו מתארים את זרימת העבודה של ריצוף הדור הבא (NGS) המבוססת על אמפליקון מהיר במיוחד המשמשת בתרגול שגרתי יומיומי בעת האבחנה עבור חולי NS-NSCLC. הראינו כי מערכת זו מסוגלת לזהות את המטרות המולקולריות הנוכחיות המשמשות ברפואה מדויקת באונקולוגיה של בית החזה ב- TAT מתאים.
במהלך העשור האחרון, הפיתוח של טיפולים ממוקדים ואימונותרפיה הגדיל באופן משמעותי את ההישרדות הכוללת (OS) של סרטן ריאות של תאים לא קטנים שאינם קשקשיים (NS-NSCLC)1,2. בהקשר זה, מספר הגנים ההכרחיים והמטרות המולקולריות לנתח בעת טיפול NS-NSCLC גדל בשנים האחרונות 3,4.
ההנחיות הבינלאומיות הנוכחיות ממליצות לבדוק EGFR, ALK, ROS1, BRAF, NTRK, RET ו- MET בעת אבחון NS-NSCLC5 מתקדם. יתר על כן, מכיוון שתרופות חדשות נתנו לאחרונה תוצאות מבטיחות מאוד בניסויים קליניים, שינויים גנומיים נוספים ייבדקו בקרוב במספר גנים נוספים, בעיקר KRAS ו– HER2, יחד עם BRAC1/BRAC2, PI3KA, NRG1 ו– NUT 6,7,8,9. בנוסף, מצבם של גנים קשורים שונים, כגון STK11, KEAP1 ו-TP53 עשוי להיות בעל עניין רב לחיזוי טוב יותר של התגובה או העמידות לטיפולים ממוקדים מסוימים ו/או מעכבי בקרה חיסונית (ICIs)10,11,12.
חשוב לציין, יש לדווח על השינויים המולקולריים ללא דיחוי משמעותי כדי להבטיח קבלת החלטות קלינית זהירה. היעדר אפיון מולקולרי של הגידול עלול להוביל להתחלת טיפולים לא ממוקדים כגון כימותרפיה עם/בלי אימונותרפיה, מה שיוביל לאסטרטגיית טיפול לא אופטימלית, שכן התגובה הכימותרפית מוגבלת בחולים עם שינויים מעשיים, כגון מוטציות EGFR או איחוי גנים13.
יתר על כן, הפיתוח הנוכחי של טיפולים ממוקדים / אימונותרפיה בסביבה ניאו-אדג’ובנטית ו / או אדג’ובנטית יכול להוביל לחיפוש שיטתי, לפחות, שינויים ב- EGFR ו- ALK בשלב מוקדם NS-NSCLC מכיוון ש- ICIs צריכים להינתן רק בגידולים מסוג פראי עבור EGFR ו- ALK14. כעת חובה גם לבדוק נוכחות של מוטציות EGFR בשלב מוקדם NS-NSCLC, שכן אוסימרטיניב (מעכב EGFR טירוזין קינאז מהדור השלישי) יכול לשמש כטיפול אדג’ובנטי ב- NS-NSCLC15 מוטנטי EGFR.
האסטרטגיה להערכת הסמנים הביולוגיים השונים בחיזוי התגובה לטיפולים ממוקדים שונים ו / או אימונותרפיה בחולי NS-NSCLC נעה במהירות, מה שהופך את זיהוי הסמנים הביולוגיים הללו לקשה ברצף 3,16. בהקשר זה, ריצוף הדור הבא (NGS) הוא כעת הגישה האופטימלית להערכה מקבילית בתפוקה גבוהה של שינויים גנטיים ב- NS-NSCLC 5,17.
עם זאת, זרימת עבודה של NGS עשויה להיות קשה לשליטה ועשויה להתבצע לזמן ארוך יותר של TAT18,19. לפיכך, מרכזים רבים עדיין מבצעים גישות רציפות (אימונוהיסטוכימיה (IHC), הכלאה פלואורסצנטית באתרו (FISH) ו / או ריצוף ממוקד). עם זאת, אסטרטגיה זו מוגבלת במקרה של גודל מדגם קטן, ומעל לכל, בגלל מספר גדל של מוטציות מעשיות הנדרשות להיבדק NS-NSCLC20. לפיכך, שיטות בדיקה מהירות ופשוטות במיוחד המאפשרות הערכה מהירה של שינויים גנטיים הפכו חשובות יותר ויותר לקבלת החלטות קליניות אופטימליות. יתר על כן, מערכות מאושרות ומוסמכות לבדיקות מולקולריות הופכות לחובה עבור מרשם של טיפולים ממוקדים ספציפיים.
כאן, אנו מתארים בדיקת DNA/RNA NGS מבוססת אמפליקון מהירה ואוטומטית במיוחד לבדיקה מולקולרית של NS-NSCLC המשמשת במעבדה לפתולוגיה קלינית וניסויית (LPCE), בית החולים האוניברסיטאי ניס, צרפת ומוסמכת על פי הנורמה ISO 15189 על ידי ועדת ההסמכה הצרפתית (COFRAC) (https://www.cofrac.fr/). ה- COFRAC מאשר כי המעבדה עומדת בדרישות התקן ISO 15189 וכללי היישום של COFRAC לפעילות בדיקה/כיול באנליזה מולקולרית ב- NGS אוטומטי על רצף עם הפאנל המבוצע על ידי המעבדה. הסמכה לפי התקן הבינלאומי המוכר ISO 15189 מדגימה את יכולתה הטכנית של המעבדה בהיקף מוגדר ואת פעולתה התקינה של מערכת ניהול מתאימה במעבדה זו. היתרונות והמגבלות של זרימת עבודה זו, החל מהכנת דגימות ביופסיית רקמות ועד לקבלת הדו”ח, נדונים.
פיתוח גישת NGS מבוססת אמפליקון אולטרה-מהיר כבדיקת רפלקס להערכת שינויים מולקולריים בעת אבחון של כל שלב NS-NSLC היא אפשרות אופטימלית לזיהוי כל הסמנים הביולוגיים המומלצים והמתפתחים ב- NS-NSCLC 5,22,23. בעוד ששיטות רציפות (IHC, PCR, FISH) מתמקדות רק בגנים ספצי…
The authors have nothing to disclose.
אנו מודים ל-Thermo Fisher Scientific שנתנו לנו את האפשרות להשתמש במכשיר ובחומרים שלהם.
96 well hard shell plate clear | Thermo Fisher Scientific (Waltham, Massachusetts, USA) | 4483354 | |
Adhesive PCR Plate Foil | Thermo Fisher Scientific (Waltham, Massachusetts, USA) | AB0626 | |
AutoLys M tube | Thermo Fisher Scientific (Waltham, Massachusetts, USA) | A38738 | FFPE sample processing tubes |
Genexus Barcodes 1-32 HD | Thermo Fisher Scientific (Waltham, Massachusetts, USA) | A40261 | |
Genexus GX5 Chip and Genexus Coupler | Thermo Fisher Scientific (Waltham, Massachusetts, USA) | A40269 | |
Genexus Pipette Tips | Thermo Fisher Scientific (Waltham, Massachusetts, USA) | A40266 | |
Genexus Purification Instrument | Thermo Fisher Scientific (Waltham, Massachusetts, USA) | A48148 | Automated purification instrument (API) |
Genexus Sequencing Kit | Thermo Fisher Scientific (Waltham, Massachusetts, USA) | A40271 | |
Genexus Templating Strips 3-GX5 and 4 | Thermo Fisher Scientific (Waltham, Massachusetts, USA) | A40263 | |
Genexus Integrated Sequencer | Thermo Fisher Scientific (Waltham, Massachusetts, USA) | A45727 | |
Ion Torrent Genexus FFPE DNA/RNA Purification Combo Kit | Thermo Fisher Scientific (Waltham, Massachusetts, USA) | A45539 | |
Oncomine Precision Assay GX (OPA) Panel (included Strips 1 and 2-HD) | Thermo Fisher Scientific (Waltham, Massachusetts, USA) | A46291 |