This manuscript describes clinical protocols for two next-generation sequencing panels. One panel interrogates hematologic malignancies while the other panel targets genes commonly mutated in solid tumors. Molecular classification of driver mutations in human malignancies offers valuable prognostic and predictive information.
As our understanding of the driver mutations necessary for initiation and progression of cancers improves, we gain critical information on how specific molecular profiles of a tumor may predict responsiveness to therapeutic agents or provide knowledge about prognosis. At our institution a tumor genotyping program was established as part of routine clinical care, screening both hematologic and solid tumors for a wide spectrum of mutations using two next-generation sequencing (NGS) panels: a custom, 33 gene hematological malignancies panel for use with peripheral blood and bone marrow, and a commercially produced solid tumor panel for use with formalin-fixed paraffin-embedded tissue that targets 47 genes commonly mutated in cancer. Our workflow includes a pathologist review of the biopsy to ensure there is adequate amount of tumor for the assay followed by customized DNA extraction is performed on the specimen. Quality control of the specimen includes steps for quantity, quality and integrity and only after the extracted DNA passes these metrics an amplicon library is generated and sequenced. The resulting data is analyzed through an in-house bioinformatics pipeline and the variants are reviewed and interpreted for pathogenicity. Here we provide a snapshot of the utility of each panel using two clinical cases to provide insight into how a well-designed NGS workflow can contribute to optimizing clinical outcomes.
أصبح الجيل التالي من التسلسل (خ ع) من عينات الأورام السريرية متاحة على نطاق أوسع خلال السنوات القليلة الماضية مع تزايد نقاط الأدب العلمية إلى أهمية تحديد التغيرات الجينية قابلة للاستهداف و/ الواسمات الجزيئية النذير التنبؤية. تحليلات لوحة متعددة الجينات ودراسات exome التسلسل كاملة في كل الظهارية 1،2 و 3 الدموية الخبيثة قد رسخ مفهوم التجانس الورم والتطور نسيلي كما تقدم المرض والانتكاسات. بالإضافة إلى ذلك، على عكس التكنولوجيات المتنافسة مثل تفاعل البلمرة المتسلسل (PCR) أو سانجر تسلسل، يمكن NGS الكشف عن معظم التعديلات الجينوم في جميع جينات السرطان ذات الصلة سريريا في فحص واحد (4).
مركز تشخيص شخصية انطلقت مع فريقين السريرية خ ع، مخصص الدموية لوحة (هيم-خ ع و لوحة) ولوحة السرطان لعينات FFPE (الصلبة خ ع و لوحة) وقبالة الجاهزة للاستخدام (انظر <strong> الشكل 1). وتغطي هذه الألواح المناطق الفائدة ذات الصلة سريريا أو عالية من الجينات مختارة؛ ليس كل الجينات أو الإكسونات تمت تغطيتها بالكامل. يتم إنشاؤها Amplicons بواسطة التهجين التحقيق تليها الإرشاد وربط. وتتضخم المناطق المستهدفة باستخدام مزيد من PCR مع الاشعال المزدوج فهرستها عالمية، والسماح لتصل إلى 96 العينات المراد المجمعة عن التسلسل.
الشكل 1: قائمة من الجينات التي تمت تغطيتها في لوحات يتم تنفيذ إعداد مكتبة باستخدام إما الدموية لوحة (لوحة هيم-خ ع) من 33 الجينات أو خارج على الرف Amplicon لوحة السرطان (الصلبة خ ع) من 47 الجينات المخصصة. لا تغطيها كل من الجينات أو الإكسونات بالكامل، حيث أن بعض amplicons قد لا تغطي سوى بعض النقاط الساخنة. الرجاء انقر هنا لعرض نسخة أكبر من هذا الرقم. </ أ>
وقد استمدت محتوى لوحة هيم-خ ع من مصادر متعددة، ولكن مراكز حوالي 16 الجينات الطافرة في سرطان الدم النخاعي الحاد (AML) التي سبق وصفها كما يدل على مستوى عال من فائدة سريرية 5. يتم إنتاج-خ ع الصلبة لوحة تجاريا مع المناطق المستهدفة بناء على الجينات الطافرة عادة في السرطان كما ورد في فهرس الجسدية الطفرات في السرطان قاعدة البيانات (COSMIC) 6.
عدة خطوات أساسية تميز سير العمل الشامل لخ ع السريرية. بعد الطبيب أوامر الاختبار، ويحدد الطبيب الشرعي كفاية العينة بعد تحليل لنسبة الورم وحجم العينة. في مؤسستنا، نطلب لا يقل عن 10٪ الورم يرجع ذلك إلى معدل خلفية التسلسل خطأ ( "الضوضاء") للتكنولوجيا وكفاءة نهج المستهدفة. إذا كانت الأنسجة كافية للاختبار، يتم استخراج الحمض النووي الجيني. ثم تعرض هذا الحمض النووي لمراقبة الجودة متعددة (QC) الخطوات. اذا أقر الحمض النووي QC، يتم إنشاء مكتبة amplicon والتسلسل. ويتم تحليل البيانات الناتجة عن طريق خط أنابيب المعلوماتية الحيوية في المنزل. بعد تحليل المعلوماتية الحيوية، يتم مراجعة المتغيرات يدويا وتفسيرها لالمرضية قبل إدراجها في التقرير الطبي. أدناه وصفنا حالتين الذي ذهب من خلال هذا العمل الدقيق وفي النهاية أدت إلى تغييرات في إدارة السريرية.
حالة 1 – النخاعي الحاد سرطان الدم
وكان خزعة نخاع العظم من المريض والتشخيص لمكافحة غسل الأموال، دون النضج. وأرسلت الدراسات الوراثية الخلوية على عينة نخاع العظم وأظهرت النمط النووي الإناث العادي. كان هناك 95٪ الانفجارات تعميم الحالية، لذلك تم إرسال عينة الدم الطرفية للالاختبارات التشخيصية شخصية على لوحة هيم-خ ع.
سرطان الدم النخاعي الحاد (AML) هي خباثة دموية من سلالة الدم النخاعي من خلايا الدم البيضاء. كشفمن الطفرات الجينية في مكافحة غسل الأموال وأصبحت ذات أهمية متزايدة للتشخيص والعلاج، مع الطفرات الجينية المتكررة اعترفت بأنها مهمة في المرضية والتشخيص 7. وقد ارتبطت طفرات في NPM1 وCEBPA مع خطر النذير مواتية، في حين الازدواجية جنبا إلى جنب الداخلية (ITDS) في FLT3 ارتبطت نتيجة أقل مواتاة 8. وهناك مجموعة متزايدة من الأدلة تدعم دور الممرضة لهذه وغيرها من الطفرات في مكافحة غسل الأموال و9.
حالة 2 – الرئة غدية
أظهر خزعة من كتلة فوق الترقوة اليسرى من المريض ب غدية الرئة. تم إرسال المواد خزعة من جزءا لا يتجزأ من البارافين (FFPE) كتلة العقدة الليمفاوية الثابتة الفورمالين للاختبار الجيني (لوحة الصلبة خ ع) كما فات / تجعيد الشعر مع أكثر من 50٪ الورم، لتحديد ما إذا كانت الطفرة الحالية للتدخل العلاجي المستهدفة.
الرئة كانكونإيه هو السبب الرئيسي للوفيات المرتبطة بالسرطان في الولايات المتحدة، وينقسم إلى نوعين رئيسيين، سرطان الرئة ذو الخلايا غير الصغيرة (NSCLC) وسرطان الرئة (مؤتمر القيادة المسيحية الجنوبية). يمكن كذلك تعريف NSCLC إما غدية أو سرطان الخلايا الحرشفية، استنادا إلى الأنسجة الآفة. الرئة غدية هو نوع فرعي الأكثر شيوعا من سرطان الرئة، وينظر في كل من المدخنين وغير المدخنين، وهو الشكل الأكثر شيوعا من سرطان الرئة لغير المدخنين 10. وقد حددت الدراسات الجزيئية للسرطانات الغدد الرئة طفرة في الجينات المسرطنة متعددة 11. الطفرات السائق الأكثر شيوعا التي تم تحديدها في المدخنين هي الطفرات في KRAS وBRAF. الطفرات الأكثر شيوعا لدى غير المدخنين هي الطفرات في EGFR، وإعادة ترتيب تنطوي على الجينات ALK، RET وROS1. وقد وصفت أورام الرئة مع في الإطار اكسون 20 الإدراج في ERBB2 الجين (HER2 / NEU). الشذوذ الأكثر شيوعا في سعادةR2 / NEU هو التضخيم من هذا الموضع في سرطان الثدي الذي العلاج المستهدف هو متاح (تراستوزوماب: الأجسام المضادة وحيدة النسيلة أنسنة ضد HER2 / NEU). وHER2 / NEU اكسون 20 الإدراج الذي لوحظ في 2-4٪ من الرئة adenocarcimomas 12 أظهرت استجابة جزئية للعلاج بالاشتراك مع HER2 / NEU ومثبطات mTOR س (neratinib وtemsirolimus، على التوالي) 13.
كما وتقدم الاثنان خ ع الاختبارات وصفها في هذه المخطوطة سريريا، والاعتبار العملي الأكثر أهمية هو مراقبة الجودة. على وجه التحديد، يجب أن تدفع النظر عن كثب إلى نوعية وكمية من الحمض النووي المستخرج. وهذا أمر مهم خاصة بالنسبة للعينات FFPE التي غالبا ما تكون متدهورة للغاية مع العائد DNA متغير. وقد تم تطوير طريقة الأيسوبروبانول هطول الأمطار من أجل تعظيم العائد من الحمض النووي من عينات FFPE كما تم العثور على أساليب تعتمد على عامود لتؤدي أحيانا إلى تقطيع الحمض النووي مع وحدات التخزين شطف محدودة. لذلك، أكثر من مرة عندما ينتج عينة تركيز منخفض جدا أو هي المتدهورة جدا للمقايسة، فمن الأرجح نظرا لحجم الأنسجة، نوع، أو تثبيت وليس عملية الاستخراج. لعينات الدم / نخاع العظام، وإذا كان هناك فشل الاستخراج، فإنه عادة ما يكون نتيجة لعينة يجري hemodilute (أي عدم وجود عدد كاف من الدم أو ورم الخلايا البيضاء في أن التعادل) أو العلاج الكيماوي ذاب.
. الإقليم الشمالي "> وأثناء عملية التحقق، ينبغي إنشاء انقطاع لقبول نوعية الحمض النووي وكمية المدخلات الموصى بها من 100 – كثيرا ما يستخدم 250 نانوغرام في الفحص، ولكن إذا كانت نوعية الحمض النووي هو جيد، ثم أقل كميات المدخلات يمكن أن تكون ناجحة. وبالإضافة إلى ذلك، إذا كانت نوعية الحمض النووي الفقراء (أي كمية من الحمض النووي amplifiable أقل من 100-250 نانوغرام) ثم ارتفاع كميات المدخلات يمكن أن يحسن من نوعية النتائج التسلسل (لأن كمية من الحمض النووي amplifiable ستصل إلى مدخلات موصى به) ويجب أن تطبق مقاييس للجودة الحمض النووي وكمية كل عينة قبل المضي قدما في الحمض النووي في إعداد مكتبة. هذه العينات في "المنطقة الرمادية" (انظر الشكل 2) يجب أن تدار وفقا لتقدير مدير المختبر أو من ينوب عنه في الوقت الحالي أفضل طريقة للتنبؤ إذا فإن الحمض النووي لا أداء جيدا خلال التسلسل هو إجراء فحص على أساس QPCR التي تسمح لتقدير وتقييم نوعية من الحمض النووي الإدخال. ويتناول هذا النهج bioavailability من شظايا مختلفة الحجم في العينة، من خلال التضخيم من شظايا مختلفة الحجم (على سبيل المثال، 100 نقطة أساس و 150 نقطة أساس و 200 نقطة أساس و 300 نقطة أساس) ومقارنة العائد.حاليا، إعداد مكتبة ينطوي على عدد كبير من الخطوات اليدوية حيث خطوة خاطئة في واحدة من العديد من المراحل يمكن أن تتسبب في مكتبة إما تفشل أو أن تكون ذات نوعية رديئة. تحليل هلام ميكروفلويديك هو QC الخطوة الوحيدة للتحقق من قضية مكتبة الإعدادية قبل التسلسل. وفقا لذلك، هناك العديد من الخطوات الحاسمة حيث الذهن إضافية يمكن أن تزيد من احتمال رد فعل ناجح. لا بد من ضمان يتم استخدام العينة الصحيحة وتجمع النوكليوتيد لكل عينة. ضمان وتسجيل صحيح أن كل عينة على واحد من 96 مجموعات فريدة من ثنائي فهرستها أزواج التمهيدي PCR يقلل فرصة لعينة خلط. أيضا، من المهم للتأكد من لوحة تصفية (فبو) تستنزف بشكل صحيح؛ إذا كان لا تستنزف بشكل مناسب يمكن أن يسبب هذا يكستيخطوة nsion-ربط إعداد مكتبة لأداء في الحالات النادرة ويؤدي إلى نوعية البيانات التسلسل الفقيرة. بعد مراقبة الجودة مكتبة، فمن الأهمية بمكان لضمان أن تكون حبات LNB1 ومعلق بالكامل وأن الحل LNB1 / LNA1 مختلطة جيدا قبل إضافتها إلى العينات كما يتم استخدام تركيز من هذا الخليط لتحديد المولية للمكتبة. وأخيرا، إذا كانت الخطوة حبة شطف يؤدي إلى كمية الأمثل للمكتبة يبلغ حجمه من الخرز فإنه سيتم خفض كثافة التكتل وربما تتسبب في مكتبة لعدم الحصول على ما يكفي تغطية متوسط. على العكس من ذلك، فإن وجود فائض من مكتبة يؤدي إلى يقرأ أقل جودة. وبالتالي، فمن المهم أن تكون متسقة في خطوة تطبيع القائم على حبة لضمان تجميع الأمثل وتجميع المكتبات على المنظم.
بالإضافة إلى إعداد مكتبة، فمن الأهمية بمكان للتحقق من خط أنابيب المعلوماتية الحيوية التي من شأنها أن تنتج المكالمات طفرة دقيقة من الخام، وملفات دي المضاعفة fastq. اختيارقد تكون الحلول مخصصة تستغرق وقتا طويلا كما أن هناك العديد من المصادر المفتوحة والمتاحة تجاريا aligners، المتصلين البديل، وحزم البرمجيات خ ع أن المرء لابد للتدقيق من خلال. سوف تحتاج خوارزميات مخصصة لتكون مصممة لاستخراج إحصائيات الأداء الأساسية، وتحديد الطفرات المتكررة الفريدة التي استعصت أدوات المصدر الأكثر انفتاحا، وتحديد وضع عدد النسخ على كل من مواضع. أثناء عملية التحقق من خط أنابيب المعلوماتية الحيوية، فمن المهم تحديد انقطاع الإبلاغ عنها للمتغيرات التي تلبي أو تتجاوز كلا عمق الحد الأدنى من التغطية بعد تصفية جودة (على سبيل المثال، ما لا يقل عن 250 يقرأ) وتردد الحد الأدنى أليل (على سبيل المثال، 4 ٪). منذ هذا الفحص على أساس amplicon المضاعفة، فمن المهم تحديد الحد الأدنى يعني عمق التغطية (على سبيل المثال، 1،000x) أن المكتبة تحتاج إلى تحقيق لتكون قادرة على الحصول على أدنى amplicon أداء الحد الأدنى لعمق يقرأ. وبالإضافة إلى ذلك، فإن طبيعة المضاعفة للمقايسة يفعل جause من آثار الهدف وهذه "التحف" سوف تحتاج إلى من يكتشفها وفحصها بالكامل قبل الاطلاق. آخر القيد المهم الفحص وصفها هو الحاجة إلى عينات لاحتواء أكبر من 10٪ ورم من أجل تحقيق الحد الأدنى لتردد أليل التحقق من صحتها.
الكشف عن التردد المنخفض، 1٪، الإدراج FLT3 أدلة على أن المراجعة اليدوية لا يزال مرغوبا فيه في هذه العملية. حتى مع تردد أليل قطع من 5٪، وبعض الطفرات مهمة ربما غاب وسوف بالتالي المراجعة اليدوية ستكون ضرورية للتأكد من هذه المتغيرات. لFLT3-ITDS، يتم إجراء الفحص البصري من اكسون 14 لجميع المرضى مكافحة غسل الأموال لضمان مستوى منخفض أو كبيرة الإدراج / الازدواجية لا تذهب دون أن يلاحظها أحد. وبالإضافة إلى ذلك، HER2 اكسون 20 الملاحق التي هي عادة بجانب تسلسل التمهيدي، تحتاج تدخل يدوي. وعلى الرغم من وجود خط أنابيب المعلوماتية الحيوية القوية، وبعض المتغيرات يمكن أن تذهب التغاضي الذي هو مجرد طبيعة وجود قطع الصلبإيقاف لمعظم الإحصاءات المذكورة أعلاه. وستكون هناك حاجة المعلوماتية الحيوية أفضل للمساعدة في تخفيف هذه المسألة، وكذلك مكتبة أفضل إعداد و / أو التسلسل المنهجيات، لأنه أكثر فائدة الحصول على بيانات ذات نوعية جيدة في انقطاع حتى أقل التي تحتوي على عدد أقل من القطع الأثرية وايجابيات كاذبة.
كشف وتفسير الترددات أليل يمكن أن يكون صعبا نظرا لصعوبة في الورم تحديد نسبة والتحيز التضخيم من بعض مناطق الجينوم. وبالإضافة إلى ذلك، الترددات أليل أكثر من 50٪ منه يمكن أن يتم الكشف عن، كما لوحظ في حالة 2. وهو ما يفسر على أنه فقدان تغاير (لوه) الحدث، إما بسبب فقدان أليل العادي، مما يؤدي إلى زيادة واضحة في متحولة يقرأ، ل كسب أليل متحولة (على سبيل المثال، 2 متحولة ونسخة عادية) أو غيرها من الآليات. هذه الآليات يمكن توضيحها من خلال الاستفادة من مجموعة التهجين الجينومي المقارن (aCGH 19) و / أو مجموعة التنميط الجيني SNP. 20.
المنهجيات تخصيب الهدف الحالية تعتمد على إجراءات لمدة يوم كامل إما التقاط هجين غير فعالة أو تقنيات PCR المضاعفة التي تؤدي إلى الحاجة إلى المزيد من التغطية تسلسل عينة واحدة وأكثر من التسلسل المستهدف يقرأ. سوف تطبيقات إضافية لخ ع الأورام الجزيئي المتوقع في المستقبل القريب تشمل أسهل طرق إعداد المكتبة التي يمكن أن تكون automatable بالكامل وتكون قادرة على معالجة العينات مع كميات قليلة جدا من الحمض النووي المدخلات (أي أقل من 1 نانوغرام) وكذلك العينات مع تدهورت للغاية الحمض النووي. ولمواجهة هذه التحديات، فإن معظم وسائل المفترض أن يكون PCR يعتمد، إما أن يكون نهج PCR متعددة الخطوات أو نهج PCR singleplex نطاق واسع مواز. وبالإضافة إلى ذلك، وقد تبين المتوازية الجزيئية من amplicons الفردية إلى الحد بشكل كبير من الضوضاء الخلفية التسلسل وسوف تتيح اختبار العينات مع نسب أقل من الخلايا السرطانية لتحقيق خفض ترددات الأليل والتحرك نحو التقاط circulatجي الخلايا السرطانية.
وقد تم الكشف عن الطفرات الأمراض المرتبطة في عينات سرطان معيار الرعاية على مدى عقود. تاريخيا، كانت في كثير من الأحيان اختبار الجينات بالتتابع، جين واحد / اكسون في وقت واحد، مع تحديد طفرة تؤدي إلى نهاية تسلسل الاختبار. وقد سمح ظهور خ ع لنهج أقل انحيازا لتسلسل الجينات المتعددة المرتبطة مع العديد من أنواع السرطان في موازاة ذلك يؤدي إلى تحديد الطفرات المتعددة التي ترتبط مع الأورام. الأداة المساعدة السريرية للخ ع للكشف عن الطفرات الجسدية في السرطان هو واضح على نحو متزايد. في الواقع، التحليل القائم خ ع لعينات الورم يمثل نموذجا جديدا يتحدى التقليدية، اختبار جين واحد، ولكن فائدة سريرية واضحة جدا. المختبرات الطبية اليوم لديها فرصة مثيرة للزواج التحقق من صحة الأسلوب الدقيق واختبار التفسير مع تطبيق هذه التكنولوجيا القوية.
The authors have nothing to disclose.
فإن الكتاب أن نعترف المساعدة دانيال البرية لقراءة المخطوط والمساعدة في الإنتاج.
Genomic DNA ScreenTape | Agilent Technology | 5067-5365 | |
Genomic DNA Reagents | Agilent Technology | 5067-5366 | |
High Sensitivity D1000 ScreenTape | Agilent Technology | 5067-5584 | |
High Sensitivity D1000 Reagents | Agilent Technology | 5067-5585 | |
TapeStation 2200 | Agilent Technology | G2965A | |
TapeStation Analysis Software | Agilent Technology | A.01.04 or higher | |
96-well Tube Storage Racks | Any Vendor | ||
15/50 ml Tube Rack | Any Vendor | ||
96-well Plate Rack | Any Vendor | ||
Pipette, single-channel, 0.5–2.5 μL | Any Vendor | ||
Pipette, single-channel, 1–10 μL | Any Vendor | ||
Pipette, single-channel, 2–20 μL | Any Vendor | ||
Pipette, single-channel, 10–100 μL | Any Vendor | ||
Pipette, single-channel, 20–200 μL | Any Vendor | ||
Pipette, single-channel, 100–1000 μL | Any Vendor | ||
Serological Pipettor | Any Vendor | ||
Vortexer | Any Vendor | ||
Ice bucket | Any Vendor | ||
Microcentrifuge (for tubes and strip tubes) | Any Vendor | ||
Freezer, -20 °C | Any Vendor | ||
4 °C Refrigerator | Any Vendor | ||
Water or Bead Bath | Any Vendor | ||
Incubator (37 oC) | Any Vendor | ||
Serological Pipettes, 1 mL | Any Vendor | ||
Serological Pipettes, 5 mL | Any Vendor | ||
Serological Pipettes, 10 mL | Any Vendor | ||
Serological Pipettes, 25 mL | Any Vendor | ||
Gloves | Any Vendor | ||
Razor Blades/Scaples | Any Vendor | ||
KimWipes | Any Vendor | ||
15 mL Conical Tube | Any Vendor | ||
50 mL Conical Tube | Any Vendor | ||
Paper Towels | Any Vendor | ||
200 proof Ethanol | Any Vendor | Store in Flammable Cabinet | |
2-Propanol (Isopropanol) | Any Vendor | Store in Flammable Cabinet | |
25ml Reservoirs | Any Vendor | ||
10N NaOH | Any Vendor | ||
Pipette, 8-channel, 1–10 μL | Any Vendor | ||
Pipette, 8-channel, 10–100 μL | Any Vendor | ||
Pipette, 8-channel, 20–300 μL | Any Vendor | ||
Ice Bucket | Any Vendor | ||
Water Squirt Bottle | Any Vendor | ||
Alcohol Squirt Bottle | Any Vendor | ||
Lens Cleaning Paper | Any Vendor | ||
Plates, 96-well PCR, Semi-Skirted | Any Vendor | ||
Tube strips, 8-well, 0.2 mL | Any Vendor | ||
Agencourt AMPure XP Beads | Beckman Coulter | A63881 | |
BioShake IQ or 3000-T elm | Bulldog Bio/Q.Instruments | 1808-0506/ 1808-0517 | |
DropPlate96 S – LabChipDS | Caliper | 128876 | |
DropPlate96 D – LabChipDS | Caliper | 132848 | |
DropSense96 | Caliper (Trinean) | ||
DropQuant Software | Caliper (Trinean) | ||
Plate Sealing Film | Denville | B1212-5S | |
Aluminum Seal Foil | Denville | B1212-6S | |
Nuclease-Free, Pure Water System | EMD Millipore | ||
5424 centrifuge | Eppendorf | 22621408 | |
5804R centrifuge | Eppendorf | 22623508 | Both 15 ml tube and plate rotators, preferably a centrifuge that can go up to 2,500 x g. |
Safe-Lock Tube 1.5 mL, Natural | Eppendorf | 22431021 | |
5 mL Tube, DNA LoBind Tube | Eppendorf | 30108310 | |
5430R Centrifuge | Eppendorf | 022620645 | Any plate rotator centrifuge will work |
Hybex Microsample Incubator | Fisher Scientific | 1057-30-0 | |
Hybex 0.2 mL Tube Block | Fisher Scientific | 1057-31-0 | |
TruSeq Amplicon – Cancer Panel | Illumina | FC-130-1008 | 96 reactions |
TruSeq Custom Amplicon | Illumina | PE-940-1011 | 96 reactions |
TruSeq Custom Amplicon Index Kit | Illumina | FC-130-1003 | 96 Indices, 384 Samples |
MiSeq Reagent Kit v3, 500 Cycles | Illumina | MS-102-3003 | |
MiSeq Reagent Kit v2, 300 Cycles | Illumina | MS-102-2002 | |
MiSeq Reagent Kit v2, 500 Cycles | Illumina | MS-102-2003 | |
Experiment Manager | Illumina | 1.3 or higher | |
MiSeq Reporter | Illumina | 2.0 or higher | |
Sequencing Analysis Viewer | Illumina | 1.8 or higher | |
TruSeq Index Plate Fixture and Collar Kit | Illumina | FC-130-1007 | |
MiSeq v2 | Illumina | SY-410-1003 | |
TruSeq Custom Amplicon Filter Plate | Illumina | FC-130-1006 | |
Index Adapter Replacement Caps | Illumina | 11294657 | |
Qubit 2.0 | Invitrogen | Q32866 | |
Qubit 0.5 ml Tubes | Invitrogen | Q32856 | |
Qubit dsDNA Broad Range Assay Kit | Invitrogen | Q32853 | |
DynaMa6-96 Magnetic Stand, Side Skirted | Invitrogen | 120.27 | |
GeneAmp PCR System 9700 (gold/silver block) | Life Technologies | N8050200 | |
Gentra Puregene Blood Kit | Qiagen | 158489 | |
Deparaffinization Solution (16ml) | Qiagen | 19093 | |
Buffer ATL (4x50ml) | Qiagen | 939011 | |
Protein Precipitation Solution (50 ml) | Qiagen | 158910 | |
DNA Hydration Solution (100ml) | Qiagen | 158914 | |
Glycogen Solution (500 μl) | Qiagen | 158930 | |
Qiagen Proteinase K | Qiagen | 19133 | |
Rnase (5ml) | Qiagen | 158924 | |
Nuclease-Free Water (10 x 50 ml) | Qiagen | 129114 | |
Pestles | USA Scientific | 1415-5390 | |
TipOne RPT 10 ul elongated filter pipet tips in sterilized racks, 10 racks of 96 tips (960 tips). | USA Scientific | 1180-3810 | |
TipOne RPT 100 ul natural, beveled filter pipet tips in sterilized racks, 10 racks of 96 tips (960 tips) | USA Scientific | 1180-1840 | |
TipOne RPT 200 μl natural, beveled filter pipet tips in racks, sterilized racks, 10 racks of 96 tips (960 tips) | USA Scientific | 1180-8810 | |
TipOne RPT 20 μl natural, beveled filter pipet tips in racks, sterilized racks, 10 racks of 96 tips (960 tips) | USA Scientific | 1180-1810 | |
TipOne RPT 1000 μl natural, graduated XL filter pipet tips in | USA Scientific | 1182-1830 |