Summary

Isolamento e analisi del genoma di virioni singole utilizzando "Genomica singolo virus '

Published: May 26, 2013
doi:

Summary

Genomica singolo virus (SVG) è un metodo per isolare e amplificare il genoma di singoli virons. Sospensioni virali di un assemblaggio misto sono ordinati mediante citometria a flusso su un vetrino da microscopio con pozzi discrete contenenti agarosio, catturando così il virione e la riduzione del genoma taglio durante la lavorazione a valle. Intero genoma amplificazione viene ottenuta utilizzando multipla di amplificazione dello spostamento (MDA) risultante in materiale genomico che è adatto per il sequenziamento.

Abstract

Tutta l'amplificazione e sequenziamento del genoma delle cellule microbiche singole consente caratterizzazione genomica, senza la necessità di coltivazione 1-3. I virus, che sono onnipresenti e le più numerose entità sul nostro pianeta 4 e importante in tutti gli ambienti 5, devono ancora essere rivelati tramite approcci simili. Qui si descrive un metodo per isolare e caratterizzare il genoma di singoli virioni chiamati "Genomica singolo virus" (SVG). SVG utilizza citometria a flusso per isolare singoli virus e amplificazione del genoma intero di ottenere un'elevata molecolare DNA genomico peso (gDNA) che può essere utilizzato nelle successive reazioni di sequenziamento.

Protocol

1. Preparazione di sospensioni virali Prima di isolamento dei singoli virioni tramite citometria a flusso, preparare sospensioni virali non fissati. Isolare particelle virali che utilizzano i protocolli stabiliti in precedenza facendo attenzione sospensione virale finale è contenuto in 0,1 micron-filtrata TE (Tris-EDTA, pH 8). Si consiglia di utilizzare filtrazione a flusso tangenziale (TFF) avvicina 6 anche se altri metodi sono stati sviluppati che uso chimico floccul…

Discussion

Un certo numero di fattori importanti devono essere prese in considerazione nell'applicazione di approcci SVG. Genotipizzazione, come è stato eseguito durante il proof-of-concept esperimento 13, non è un'opzione valida per gli isolati ambientali o sconosciute come primer conservati non sono disponibili in tutti i gruppi virali. Inoltre, sfondo sintesi del DNA o amplificazione aspecifica è comunemente riportati durante l'amplificazione mediante la reazione di MDA 14. Amplificazione no…

Disclosures

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

Vorremmo ringraziare Ken Nealson per la sua intuizione e consulenza durante tutto il processo di preparazione del manoscritto.

Materials

Material Name Company Catalogue Number Comments
1X TE buffer Invitrogen 12090-015  
Buffer-saturated Phenol Invitrogen 15513-039  
GenomiPhi HY kit GE Healthcare 25-6600-22  
Glycoblue Invitrogen AM9516 15 mg/ml
LMP agarose Invitrogen 16520100  
PTFE microscope slide Electron Microscopy Sciences 63430-04 24 well, 4 mm Diameter
SybrGreen Invitrogen S7585 10,000X
β-agarase New England Biolabs M0392S  

References

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Cite This Article
Zeigler Allen, L., Ishoey, T., Novotny, M. A., McLean, J. S., Lasken, R. S., Williamson, S. J. Isolation and Genome Analysis of Single Virions using ‘Single Virus Genomics’. J. Vis. Exp. (75), e3899, doi:10.3791/3899 (2013).

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