Предсказание корецепторов использования ВИЧ-1 требуется для введения нового класса антиретровирусных препаратов, антагонистов т.е. корецепторов. Он может быть выполнен анализ последовательности<em> ENV</em> Гена и последующей интерпретации через интернет-система интерпретации (geno2pheno<sub> [Корецепторов]</sub>).
Маравирок (MVC) является первым лицензированным антиретровирусных препаратов из класса корецепторов антагонистов. Он связывается с принимающей корецепторов CCR5, который используется большинством штаммов ВИЧ, с тем, чтобы заразить человека иммунные клетки (рис. 1). Другие штаммы ВИЧ используют различные корецепторов, CXCR4. Какой рецептор используется, определяется вирусом белка Env (рис. 2). В зависимости от корецепторов используется, вирусы классифицируются как R5 или X4, соответственно. MVC связывается с рецептором CCR5 ингибирования вступления вирусы R5 в клетки-мишени. В ходе болезни, X4 вирусы могут возникать и перерастают R5 вирусы. Определение корецепторов использования (также называемый тропизм), следовательно, обязательными до введения MVC, как того требовала EMA и FDA.
Исследования для MVC эффективности мотивации, MERIT и 1029 были проведены с Trofile анализа с монограммой, Сан-Франциско, США Это высокое качество анализа на основе Sophisticated рекомбинантного испытаний. Принятие этого теста для повседневной довольно низкий за пределами США, так как европейские врачи, а, как правило, работают с децентрализованным лаборатории экспертов, которые также обеспечивают сопутствующие тестирование сопротивления. Эти лаборатории прошли несколько обеспечению качества оценок, последний был представлен в 2011 1.
Вот уже несколько лет мы провели тропизм определений основано на анализе последовательности из ВИЧ-ENV-V3 гена область (V3) 2. Этот регион несет достаточно информации, чтобы выполнить надежный прогноз. Генотипического определения использования корецепторов представляет преимущества, такие как: сокращение времени оборота (эквивалент сопротивления тестирования), снижение затрат, возможность адаптировать результаты к потребностям пациентов и возможность анализа клинических образцов с очень низкой или даже вирусную нагрузку (ВН ), особенно с учетом количества проанализированных проб с ВН <1000 копий / мклпримерно увеличилась в последние годы (рис. 3).
Основные шаги для тропизм тестирования (рис. 4) показано в этом видео:
1. Коллекция образцов крови
2. Выделение РНК из плазмы и / или ВИЧ провирусной ДНК из крови мононуклеаров
3. Усиление регионе ENV
4. Усиление V3 области
5. Последовательность реакции ампликона V3
6. Очистка секвенирование образцов
7. Секвенирование очищенных образцов
8. Последовательность редактирования
9. Последовательность интерпретации данных и тропизм прогноз
V3 последовательности позволяет надежно вирусных прогноз тропизм, как показано в клинических исследованиях, 3-9. В самом деле, генотипические определения предполагается в текущем европейском и немецко-австрийская принципов 10.
По сравнению с фенотипическими тестирования, не только время оборота короче (эквивалентное сопротивление тестирования), но и являются расходы. Кроме того, основным преимуществом генотипического тестирования является то, что результаты оценивались как FPR и, следовательно, могут быть адаптированы к потребностям пациентов. Trofile результатов, с другой стороны, просто R5 или X4 отчетов, а также доступ к необработанным данным не дано.
В настоящее время европейские принципы предполагают, FPR отключения 20% 10, в то время как австро-германские руководящие принципы позволяют адаптировать FPR отсечения специально для потребностей каждого пациента 11. В соответствии с этим для пациентов с широким спектром вариантов антиретровирусных препаратов, более высокий FPR отключений (> 20%) Рекомендзакончился. Наоборот, для сильно предварительно обработанных пациентов с ограниченными терапевтические возможности, снизить FPR отключений (> 5%) может быть использована. Этот вид терапии руководство в настоящее время продолжается сопротивлением тестирования НИОТ, ННИОТ, ИП, и ИНИС, где частично активные препараты могут быть включены в лечении пациентов со сниженной терапевтических возможностей. Кроме того, с ростом числа генотипически наведением терапии изменениям, клинически значимых FPR отключений постоянно регулируется с помощью панели bioinformaticians, вирусологи и врачи.
Еще одним важным преимуществом генотипической тестирования тропизм является возможность анализа клинических образцов с очень низкой или даже вирусную нагрузку (ВН). В этом случае, когда плазма РНК не амплифицируемым, провирусной ДНК могут быть упорядочены и использовать для надежных прогнозов 9,12. Следует отметить, что число пациентов с низким или вирусную нагрузку резко возросло в последние годы. На сегодняшний день Trofile анализа только позволяет проводить анализ образцов от пациентов с ВН <1000 копий / мл. Тем не менее, предварительные исследования показали, что провирусной ДНК может быть также adecuate должна быть протестирована на Trofile 13.
The authors have nothing to disclose.
Авторы финансируются из Corus, MedSys в клетку, цепи и Resina проектов.
Name of the reagent | Company | Catalogue number | Comments |
MagNA Pure Compact Nucleic Acid Isolation Kit I | Roche Diagnostics | 04 802 993 001 | |
MagNA Pure Compact System | Roche Diagnostics | 03731146001 | |
T3000 Thermocycler | Biometra | 050-723 | |
One Step RT-PCR Kit | Qiagen | 210215 | |
HotStarTaq Master Mix Kit | Qiagen | 203445 | |
QIAquick PCR Purification Kit | Qiagen | 28106 | |
Exonuclease I (Exo I) | Fermentas | EN0582 | |
FastAP Thermosensitive Alkaline Phosphatase | Fermentas | EF0651 | |
BigDye Terminator v3.1 Cycle Sequencing Kit | Applied Biosystems | 4337457 | |
Sephadex G-50 Superfine | GE Healthcare | 17-0041-01 | |
ABI Prism 3130 XL capillary sequencer | Applied Biosystems | 3130XL |