La prédiction de l'utilisation du corécepteur du VIH-1 est nécessaire pour l'administration d'une nouvelle classe de médicaments anti-rétroviraux, les antagonistes du corécepteur soit. Elle peut être effectuée par analyse de la séquence de l'<em> Env</em> Gène et l'interprétation ultérieure par un système d'interprétation basé sur Internet (geno2pheno<sub> [Corécepteur]</sub>).
Le maraviroc (MVC) est le premier médicament homologué antirétroviral de la classe des antagonistes des corécepteurs. Il se lie à l'hôte corécepteur CCR5, qui est utilisé par la majorité des souches de VIH pour infecter les cellules humaines immunitaires (Fig. 1). D'autres isolats de HIV utiliser un corécepteur différente, le CXCR4. Lequel récepteur est utilisé, est déterminée dans le virus de la protéine Env (Fig. 2). Selon le corécepteur utilisé, les virus sont classés comme R5 ou X4, respectivement. MVC se lie au récepteur CCR5 inhiber l'entrée du virus R5 dans la cellule cible. Au cours de l'évolution de la maladie, les virus X4 peuvent émerger et dépasser les virus R5. Détermination de l'usage du corécepteur (aussi appelée tropisme) est donc obligatoire avant l'administration de MVC, comme exigé par l'EMA et de la FDA.
Les études d'efficacité MVC MOTIVER, MERIT et 1029 ont été réalisées avec le test Trofile de monogramme, San Francisco, USA Ceci est un essai de haute qualité basé sur sophisticated essais recombinés. L'acceptation de ce test de routine quotidienne est plutôt faible en dehors des Etats-Unis, puisque les médecins européens ont plutôt tendance à travailler avec des laboratoires experts décentralisés, qui fournissent également des tests de résistance concomitante. Ces laboratoires ont fait l'objet de plusieurs évaluations d'assurance de la qualité, la dernière a été présentée en 2011 1.
Depuis plusieurs années, nous avons effectué des déterminations tropisme basée sur l'analyse de la séquence env du VIH-V3 région du gène (V3) 2. Cette région comporte suffisamment d'informations pour effectuer une prédiction fiable. La détermination du génotype de l'utilisation de corécepteur présente des avantages tels que: réduction du temps de chiffre d'affaires (équivalent à des tests de résistance), une réduction des coûts, la possibilité d'adapter les résultats aux besoins des patients et la possibilité d'analyser des échantillons cliniques avec une charge virale très faible, voire indétectable (VL ), d'autant plus que le nombre d'échantillons analysés avec CV <1000 copies / ulenviron augmenté au cours des dernières années (figure 3).
Les principales étapes de test de tropisme (Fig. 4) montre cette vidéo:
1. Prélèvement d'un échantillon de sang
2. L'isolement de l'ARN du VIH dans le plasma et / ou l'ADN proviral du VIH de cellules mononucléées sanguines
3. L'amplification de la région env
4. L'amplification de la région V3
5. Réaction de séquence de l'amplicon V3
6. Purification des échantillons de séquençage
7. Le séquençage des échantillons purifiés
8. Édition de séquence
9. Séquençage l'interprétation des données et de prévision tropisme
La séquence V3 permet une prédiction fiable tropisme viral, comme indiqué dans les études cliniques 3-9. En fait, la détermination génotypique est envisagé dans les directives européennes et germano-autrichienne 10.
Comparativement à l'essai phénotypique, non seulement le temps de rotation plus courte (équivalent à des tests de résistance), mais aussi les coûts. En outre, un avantage majeur du test génotypique est que les résultats sont classés en tant FPR et ne peut donc être adapté aux besoins des patients. Résultats Trofile, d'autre part, sont tout simplement des rapports R5 ou X4, et l'accès aux données brutes n'est pas donné.
À l'heure actuelle, les directives européennes suggèrent un FPR cut-off de 20 à 10%, tandis que les lignes directrices austro-allemandes permettent d'adapter le FPR coupure spécifiquement aux besoins de chaque patient 11. Dans cette ligne, pour les patients avec un large éventail d'options de médicaments antirétroviraux, plus FPR seuils (> 20%) sont recommterminé. En revanche, pour lourdement prétraités patients atteints de peu d'options thérapeutiques, le bas du FPR seuils (> 5%) peuvent être utilisés. Ce type d'orientation thérapeutique est actuellement en cours par la résistance à tester INTI, INNTI, les IP, et l'INIS, où les médicaments partiellement actifs peuvent être inclus dans le traitement des patients atteints réduction des options thérapeutiques. En outre, avec un nombre croissant de changements de thérapie génotypiquement-guidés, la clinique pertinente FPR seuils sont continuellement ajustés par un panel de bioinformaticiens, des virologistes et des cliniciens.
Un autre avantage important des tests génotypiques de tropisme est la possibilité d'analyser des échantillons cliniques avec une charge virale très faible, voire indétectable (VL). Dans ce cas, lorsque l'ARN plasmatique n'est pas amplifiable, l'ADN proviral peut être séquencés et utilisés pour des prévisions fiables 9,12. Fait à noter, le nombre de patients ayant une charge virale basse ou indétectable a fortement augmenté au cours des dernières années. À ce jour, le Trofil de test ne permet que l'analyse des échantillons provenant de patients atteints de LV <1000 copies / ml. Cependant, des études préliminaires ont montré que l'ADN proviral peut être aussi adecuate d'être testé par Trofile 13.
The authors have nothing to disclose.
Les auteurs sont financés par le Corus, entrée dans la cellule medsys, CHAIN et les projets de Resina.
Name of the reagent | Company | Catalogue number | Comments |
MagNA Pure Compact Nucleic Acid Isolation Kit I | Roche Diagnostics | 04 802 993 001 | |
MagNA Pure Compact System | Roche Diagnostics | 03731146001 | |
T3000 Thermocycler | Biometra | 050-723 | |
One Step RT-PCR Kit | Qiagen | 210215 | |
HotStarTaq Master Mix Kit | Qiagen | 203445 | |
QIAquick PCR Purification Kit | Qiagen | 28106 | |
Exonuclease I (Exo I) | Fermentas | EN0582 | |
FastAP Thermosensitive Alkaline Phosphatase | Fermentas | EF0651 | |
BigDye Terminator v3.1 Cycle Sequencing Kit | Applied Biosystems | 4337457 | |
Sephadex G-50 Superfine | GE Healthcare | 17-0041-01 | |
ABI Prism 3130 XL capillary sequencer | Applied Biosystems | 3130XL |