Descrevemos um protocolo para amostrar, preservar e seção de raízes intactas e o solo circundante da rizosfera de ambientes pantanosos usando arroz(Oryza sativa L.) como espécie modelo. Uma vez preservada, a amostra pode ser analisada utilizando técnicas de imagem elementar, como a fluorescência química de raios-X síncrotron (XRF).