La corrección de los cambios cromáticos en imágenes de microscopía de fluorescencia multicolor tridimensionales (3D) es crucial para los análisis cuantitativos de datos. Este protocolo se desarrolla para medir y corregir los cambios cromáticos en muestras biológicas a través de la adquisición de imágenes de referencia adecuadas y el procesamiento con el software de código abierto, Chromagnon.