Die Korrektur chromatischer Verschiebungen in dreidimensionalen (3D) mehrfarbigen Fluoreszenzmikroskopiebildern ist für quantitative Datenanalysen von entscheidender Bedeutung. Dieses Protokoll wurde entwickelt, um chromatische Verschiebungen in biologischen Proben durch Erfassung geeigneter Referenzbilder und Verarbeitung mit der Open-Source-Software Chromagnonzu messen und zu korrigieren.