Este artículo presenta un protocolo de centrifugación de velocidad diferencial en combinación con centrifugación de gradiente de densidad para separar las mitocondrias de los tejidos de cáncer de ovario humano y controlar los tejidos ováricos para el análisis proteómico cuantitativo, resultando en una muestra mitocondrial de alta calidad y un análisis proteómico cuantitativo de alta calidad y alta reproducibilidad de un proteomo mitocondrial de cáncer de ovario humano.