DNA及びタンパク質は、配列特異的親和性またはDNAまたはタンパク質トランスフェラーゼおよび合成補因子類似体を用いた蛍光レポーター基で標識される。酵素の補因子特異性に応じて、アジリジンまたは二活性化補助因子アナログは、一次元または二段階標識のために用いられる。