Aqui nós descrevemos um método para visualizar diretamente hipóxia tecidual microrregional no córtex do rato<em> In vivo</em>. Baseia-se na imagem de dois fotões concomitante de dinucleótido adenina nicotinamida (NADH) e da microcirculação cortical. Este método é útil para a análise de alta resolução de fornecimento de oxigénio do tecido.