Фенотипической изменчивости признаков, может быть результатом мутации в цис-регуляторных элементов (CRE) последовательности, шаблоны управления экспрессии генов. Методы получены для использования в дрозофилы могут количественно сравнить уровни пространственные и временные паттерны экспрессии генов посредничестве изменение или естественные варианты CRE.