Summary

Etikettenfreier quantitativer Proteomik-Workflow für Discovery-gesteuerte Host-Pathogen-Interaktionen

Published: October 20, 2020
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Summary

Hier stellen wir ein Protokoll vor, um das Zusammenspiel zwischen Wirt und Erreger während der Infektion durch Massenspektrometrie-basierte Proteomik zu profilieren. Dieses Protokoll verwendet die etikettenfreie Quantifizierung, um Veränderungen in der Proteinmenge sowohl von Wirten (z. B. Makrophagen) als auch von Erregern (z. B. Cryptococcus neoformans) in einem einzigen Experiment zu messen.

Abstract

Die technologischen Errungenschaften der Massenspektrometrie (MS) eröffnen viele unentdeckte Wege zur Analyse des globalen Proteoms eines Organismus unter unterschiedlichen Bedingungen. Diese kraftvolle Strategie, die auf die Wechselwirkungen von mikrobiellen Krankheitserregern mit dem gewünschten Wirt angewendet wird, charakterisiert beide Perspektiven auf Infektionen umfassend. Hierin beschreibt der Workflow die etikettenfreie Quantifizierung (LFQ) des Infektoms von Cryptococcus neoformans, einem pilzfakultativen intrazellulären Erreger, der der Erreger der tödlichen Krankheit Kryptokokkose ist, in Gegenwart von verewigten Makrophagenzellen. Das Protokoll beschreibt die geeigneten Proteinvorbereitungstechniken für Krankheitserreger und Säugetierzellen in einem einzigen Experiment, was zu einer angemessenen Peptid-Einreichung für die Flüssigkeitschromatographie (LC)-MS/MS-Analyse führt. Die hohe generische Natur des LFQ mit hohem Durchsatz ermöglicht eine breite Dynamik der Proteinidentifikation und -quantifizierung sowie die Übertragbarkeit auf jede Infektionseinstellung von Wirtspathogenen, wobei eine extreme Empfindlichkeit erhalten bleibt. Die Methode ist optimiert, um umfangreiche, unvoreingenommene Proteinreichtumsprofile eines Erregers unter infektionsimitleidenden Bedingungen zu katalogisieren. Insbesondere liefert die hier gezeigte Methode wesentliche Informationen zur Pathogenese von C. Neoformans, wie z. B. der für Virulenz notwendigen Proteinproduktion und identifiziert kritische Wirtsproteine, die auf eine mikrobielle Invasion reagieren.

Introduction

Die Prävalenz invasiver Pilzinfektionen nimmt enorm zu und korreliert mit unannehmbar hohen Sterblichkeitsraten, die am häufigsten bei Personen mit immundefiziden Veranlagungen berichtet werden1. Cryptococcus neoformans ist ein berüchtigter opportunistischer Pilzerreger, der in der Lage ist, intrazelluläre sesäichliche Überleben innerhalb von Wirtsmakrophagenzellen zu überleben. Unzureichende antimykotische Intervention führt zu Pilzverbreitung und lebensbedrohliche Manifestationen von kryptokokkaler Meningitis und Meningoenzephalitis2,3. Die globale Zunahme des immungeschwächten Status hat eine parallele Zunahme der Verwendung von Antimykotika gefordert, in denen viele Pilzarten, einschließlich C. Neoformans, zunehmend Resistenzen gegen4,5,6entwickelt haben. Daher ist es unerlässlich, robuste und effiziente Technologien zu implementieren, um lebenswichtige biologische Fragen in Bezug auf die Reaktion auf die Wirtsabwehr und die mikrobielle Pathogenese zu beantworten.

Das neue Zeitalter des technologischen Fortschritts in der Massenspektrometrie (MS), einschließlich der Erzeugung leistungsfähiger computergestützter und bioinformatischer Pipelines, bildet die Grundlage für eine integrative Vision für eine groß angelegte Analyse der Wirtspathogenforschung7,8. Herkömmliche pathogenese-gesteuerte proteomische Analysen profilieren häufig die Sicht der Infektion entweder aus der Perspektive des Wirts oder des Krankheitserregers, einschließlich umfassender Methoden wie Proteinkorrelationsprofilierung, Affinitätschromatographie in Kombination mit Proteomik und Interkomik9. Untersuchungen zur Virulenz gefährlicher Krankheitserreger in einem Wirtssystem sind von immenser klinischer Bedeutung; Die Anwendung einer dualen Perspektivanalyse in einem einzigen Experiment galt jedoch früher als unerreichbar. Zum Beispiel wird die Perspektive des Erregers auf eine Infektion oft von reichlich reichlich vorhandenen Wirtsproteinen überwältigt, was zu einer verringerten Empfindlichkeit für den Nachweis von schwach vorhandenen Pilzproteinenführt 7. Darüber hinaus lädt die hohe Probenkomplexität viele Ziele ein, in einem einzigen experimentellen System zu untersuchen, und erweist sich als schwierig, Wirkmechanismen für ein bestimmtes Pathogenprotein aufzuklären.

Bottom-up-Proteomik ist eine beliebte MS-Technik, die eine überschaubare Probenvorbereitung ermöglicht, bei der Peptide durch sequenzspezifische enzymatische Verdauung erzeugt werden, gefolgt von Flüssigkeitschromatographie-Trennung, Identifizierung und Quantifizierung durch MS10,11. Hier stellen wir eine Methode vor, die eine datenabhängige Erfassungsstrategie demonstriert, die darauf ausgerichtet ist, eine unvoreingenommene Abdeckung eines infektionsbasierten Proteoms oder “Infektoms” zu erreichen. Insbesondere die etikettenfreie Quantifizierung (LFQ) verringert die Abhängigkeit von chemischen oder metabolischen Etiketten für eine robuste und genaue Identifizierung von Proteinstandsänderungen über mehrere Proteome hinweg, wodurch die Probenhandhabung und die Verarbeitungsschritte12,13reduziert werden. Diese universelle Anwendung fragt produzierte Proteine zu einem bestimmten Zeitpunkt in einer Zelle unabhängig von der erwarteten Proteinproduktion ab; So können neue Erkenntnisse entdeckt werden, die für eine Infektion entscheidend sind.

Der hier beschriebene Workflow ist optimiert, um Veränderungen des Proteinspiegels von C. Neoformanen während der Infektions-Mimikking-Bedingungen mit Wirtsimmunzellen zu untersuchen (Abbildung 1). Anstatt sich auf die Isolierung und Trennung von Zelltypen zu verlassen, extrahiert dieser Ansatz das Wirts- und Erregerproteom zusammen und nutzt die bioinfordische Trennung mithilfe von zwei organismusspezifischen Datenbanken, um die artspezifische Proteinproduktion zu unterscheiden. Diese Methode bietet Vorteile für eine unbegrenzte Anzahl von Proben, die ohne die zusätzlichen kostspieligen Vorbereitungsschritte verarbeitet werden, die in isotopenbasierten Etikettierungsstudien oder Fraktionen erforderlich sind. Darüber hinaus unterstützt dieser Workflow optimierte Proteinextraktionsprotokolle, die auf eine Breite von Pilz- und Bakterienerregern übertragbar sind, die in der Lage sind, Wirtsimmunzellen anzusprechen und zu infizieren. Insgesamt skizziert dieses Protokoll die Schritte zur Durchführung einer unvoreingenommenen Proteinextraktion und Probenverarbeitung für hochauflösende MS, gefolgt von Daten und statistischen Analysen, die in der Lage sind, eine Fülle von Kenntnissen über Pilzproteine bereitzustellen, die für eine Infektion wichtig sind, kombiniert mit einer umfassenden Profilierung der Host-Abwehrreaktion.

Protocol

Eine verewigte Linie von Makrophagen, die von BALB/c-Mäusen abgeleitet wurden, wurde für das folgende Protokoll verwendet, das vom University of Guelph Animal Utilization Protocol 4193 genehmigt wurde. Insbesondere können andere Stämme von Mäusen oder andere Quellen von verewigten Zellen auf das skizzierte Protokoll mit ausreichenden Tests angewendet werden, um die detaillierten Parameter zu optimieren. Das folgende Protokoll navigiert durch die Schritte, die mit einer eingefrorenen Durchstechflasche mit Makrophagen…

Representative Results

Das oben beschriebene Protokoll ermöglicht die Identifizierung und Quantifizierung von Proteinen, die sowohl vom Pilzpathogen C. neoformansals auch vom Wirt, Makrophagenzellen, in einem einzigen Experiment abgeleitet wurden. Nach der Kokultur werden die Zellen zusammen gesammelt und verarbeitet und auf der Grundlage von für jede Art spezifischen Peptidprofilen bioinformatisch getrennt. Dies ist ein kraftvoller Ansatz, um das Zusammenspiel der Wirts-Pathogen-Beziehung während der Infektion zu definieren. Die A…

Discussion

Zu den kritischen Schritten des Protokolls gehören die Vorbereitung von Makrophagenzellen und die Entnahme von Co-Kulturproben für die Proteinverarbeitung mit minimaler Unterbrechung der Zellen. Es ist wichtig, Schritte des Waschens, Impfens und Entfernens von anhaftenden Makrophagenzellen sanft und sorgfältig durchzuführen, um unnötige Lyse von Zellen vor der Entnahme zu verhindern. Die Festlegung des richtigen MOI für das Experiment ist auch entscheidend, da die Impfung mit einem zu hohen MOI zu einem schnellen T…

Disclosures

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

Die Autoren danken Dr. Jonathan Krieger von Bioinformatics Solutions Inc. für den Betrieb des Massenspektrometers für repräsentative Experimente sowie Mitgliedern der Geddes-McAlister-Gruppe für ihre Unterstützung bei der experimentellen Einrichtung und dem Manuskript-Feedback. Die Autoren würdigen die finanzielle Unterstützung, teilweise von der Banting Research Foundation – The Jarislowsky Fellowship Discovery Award, New Frontiers Research Fund – Exploration (NFRFE-2019-00425) und der Canadian Foundation for Innovation (JELF 38798) für J.G.M., sowie dem NSERC Canada Graduate Scholarship – Masters and Ontario Graduate Scholarship for B.B.

Materials

100 mM Tris-HCl, pH 8.5 Fisher Scientific BP152-1 Maintain at 4°C
60 x 15 mm Dish, Nunclon Delta ThermoFisher Scientific 174888
6-well cell culture plate ThermoFisher Scientific 140675
Acetonitrile, MS grade Pierce TS-51101
Acetic Acid Sigma Aldrich 1099510001
Acetone Sigma Aldrich 34850-1L
Ammonium bicarbonate (ABC) ThermoFisher Scientific A643-500 Prepare a stock 50 mM ABC solution, stable at room temperature for up to one month.
Bel-Art™ HiFlow Vacuum Aspirator Collection System Fisher Scientific 13-717-300 Not essential, serological pipettes can be used to remove media.
C18 resin 3M Empore 3M2215
Cell Scrapers VWR 10062-906 Not essential, other methods to release macrophage cells can be used.
Centrifugal vaccuum concentrator Eppendorf 07-748-15
Complete Filtration Unit VWR 10040-436
Conical falcon tubes (15 mL) Fisher Scientific 05-539-12
Countess II Automated Cell Counter ThermoFisher Scientific AMQAX1000 Not essential, haemocytometer can be used as an alternative.
CytoTox 96 Non-Radioactive Cytotoxicity Assay Promega G1780
Dithiothreitol (DTT) ThermoFisher Scientific R0861 Prepare bulk stock solution of 1 M DTT, flash frozen and stored at -20 °C until use. Discard after each use (do not freeze-thaw repeatedly).
DMEM, high glucose, GlutaMAX Supplement ThermoFisher Scientific 10566016
Fetal Bovine Serum (FBS) ThermoFisher Scientific 12483020 Heat inactivate by incubating at 60°C for 30 minutes. Prepare 50 ml aliquots and flash freeze. Thaw prior to media preparation
Haemocytometer VWR 15170-208
HEPES Sigma Aldrich H3375 Prepare 40 mM HEPES/8 M Urea in bulk stock solution, flash frozen, store at -20°C until use. Discard after each use (do not freeze-thaw repeatedly).
High-performance liquid chromatography system ThermoFisher Scientific LC140 Gradient length is based on sample complexity, recommended 120 min gradient for infectome samples.
High-resolution mass spectrometer ThermoFisher Scientific 726042
Iodoacetamide (IAA) Sigma Aldrich I6125 Prepare 0.55 M bulk stock solution, flash frozen, store at -20°C until use. Discard after each use (do not freeze-thaw repeatedly).
L-glutamine ThermoFisher Scientific 25030081 Can be aliquot and frozen for storage. Thaw prior to media preparation.
LoBind Microcentrifuge tubes Eppendorf 13-698-794
MaxQuant https://maxquant.org/ MaxQuant is a public platform that offers tutorials, such as the MaxQuant Summer School, outlining the computational analysis steps of large MS data sets
Microcentrifuge Eppendorf 13864457
Penicillin : Streptomycin 10k/10k VWR CA12001-692 Can be aliquot and frozen for storage. Thaw prior to media preparation.
Peptide separation columns ThermoFisher Scientific ES803
Perseus Software http://maxquant.net/perseus/
Phosphate Buffered Saline VWR CA12001-676 Puchase not required. PBS can also be prepared but sterile filteration must be performed before use.
Pierce BCA Protein Assay ThermoFisher Scientific  23225
Pipette, Disposable Serological (10 mL) Fisher Scientific 13-678-11E
Pipette, Disposable Serological (25 mL) Basix Fisher Scientific 14955235
Probe sonciator ThermoFisher Scientific 100-132-894
Protease inhibitor cocktail tablet Roche 4693159001
Sodium dodecyl sulfate ThermoFisher Scientific 28364 20% (w/v)
Spectrophotometer (Nanodrop) ThermoFisher Scientific ND-2000
STAGE tipping centrifuge Sonation STC-V2
Thermal Shaker VWR NO89232-908
Trifluoroacetic acid ThermoFisher Scientific 85183
Trypsin/Lys-C protease mix, MS grade Pierce A40007 Maintain at -20 °C.
Ultrasonic bath Bransonic A89375-450 Stored in cold room (4C)
Urea Sigma Aldrich U1250-1KG Prepare 40 mM HEPES/8 M Urea in bulk stock solution, flash frozen, store at -20 °C until use. Discard after each use (do not freeze-thaw repeatedly).
Yeast-extract peptone dextrose broth BD Difco BM20

References

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Cite This Article
Ball, B., Sukumaran, A., Geddes-McAlister, J. Label-Free Quantitative Proteomics Workflow for Discovery-Driven Host-Pathogen Interactions. J. Vis. Exp. (164), e61881, doi:10.3791/61881 (2020).

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