由于mRNA前体的瞬态的性质,它可以很难分离和研究<em>在体内</em>。在这里,我们提出了一种新<em>在体外</em>调查使用一种人工合成的寡核苷酸池的RNA -蛋白质相互作用的方法,整个选定区域的前体mRNA的瓷砖。
测序合作与RNA结合蛋白免疫沉淀(CO – IP)增加表明装订位置的RNA拼接的认识,往往影响一个剪接因子的功能。然而,与任何抽样策略确定绑定到剪接因子一种RNA的机会是其细胞丰度成正比。我们已经开发出一种在体外培养的方法的前体mRNA上,否则瞬态测量结合的特异性的小说。这种方法采用了专门设计的寡核苷酸池,跨内含子,外显子剪接路口,或其他前体mRNA的瓷砖。池是受到某种分子选择。在这里,我们展示了通过分离成一个绑定和非绑定小数寡核苷酸的方法,利用两种颜色的数组战略,在绑定的分数记录每一个寡核苷酸的富集。阵列中的数据能够识别特定序列和结构determinates核蛋白(RNP)的前体mRNA结合生成高分辨率地图。这种方法具有独特的优势是它的能力,以避免对当前的IP和SELEX技术与相关的基因的抽样偏差,池是专门设计和合成的前体mRNA序列。寡核苷酸池的灵活性是另外一大优势,因为实验者选择哪个地区的研究和瓷砖跨他们的个性化需求,剪裁池。使用这种技术,可以检测约束力的大规模成一个功能的剪接记者的克隆库,并确定是在所包含的部分丰富的寡核苷酸多态性或突变的影响。这小说在体外高分辨率测绘计划提供了一个独特的方式来研究瞬态mRNA前体的物种,其丰度低,使得他们难以电流在体内的技术研究与RNP的相互作用。
执行此过程时,重要的是记住,池创建灵活和开放的修改,在RNA或蛋白质水平。在RNA水平同源地区,疾病基因突变,多态性,或随机突变可以被引入到寡核苷酸序列。在蛋白质水平的RNA结合因子可以修改的磷酸化或其他翻译后修饰。此外,具有约束力的环境可以被操纵,以增加或减少交互或与RNA结合蛋白的利益竞争的其他因素的水平。