Здесь мы представляем два протокола для изучения фагоцитарной -Mycobacterium abscessus взаимодействий: скрининга мутантов библиотеки transposon для бактериальных внутриклеточный дефицит и определение бактериальной внутриклеточных транскриптом от РНК последовательности. Оба подхода обеспечивают проницательность в геномной преимущества и транскриптомики приспособления, повышения фитнес внутриклеточных бактерий.