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Ein Protokoll für die Verwendung von Gen Set Anreicherung Analyse zur Ermittlung von geeigneten Tiermodell für die translationale Forschung
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A Protocol for Using Gene Set Enrichment Analysis to Identify the Appropriate Animal Model for Translational Research
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Ein Protokoll für die Verwendung von Gen Set Anreicherung Analyse zur Ermittlung von geeigneten Tiermodell für die translationale Forschung

DOI:
10.3791/55768-v

•

09:35 min

•

August 16, 2017

•

, , , , ,
1Department of Experimental Toxicology and ZEBET,German Federal Institute for Risk Assessment (BfR), 2Department of Clinical Pharmacology and Toxicology,Charité-Universitätsmedizin Berlin

Chapters

  • 00:05Title
  • 00:54Performing the Game Set Enrichment Analysis (GSEA)
  • 05:46Comparing the GSEA Results and Identifying the Optimal Animal Model
  • 07:55Results: Overlap of Pathway Regulation Identifies Suitable and Unsuitable Animal Models
  • 08:49Conclusion

Summary

Automatic Translation

Automatic Translation

Wir bieten ein standardisiertes Protokoll für die Nutzung der Genanalyse Set Anreicherung von transkriptomischen Daten, um eine ideale Maus-Modell für die translationale Forschung zu identifizieren.
Dieses Protokoll kann mit DNA-Microarray und RNA Sequenzierungsdaten verwendet werden und kann weiter mit anderen Daten der Omics verlängert werden, wenn Daten vorhanden sind.

Tags

Gene Set Enrichment AnalysisAnimal ModelTranslational ResearchGenome DataMouse ModelsInflammatory DiseasesGene Expression StudiesGene Expression DataPhenotype FileMolecular Signature DatabaseDNA Chip AnnotationsGSEA SoftwareGene SymbolsPermutations

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