La sepsis experimental puede ser inducida en ratones usando el método (CLP) ligadura y punción cecal. Los protocolos actuales para evaluar la autofagia in vivo en el contexto de la sepsis inducida por CLP se presentan aquí: Un protocolo para la medición de la autofagia utilizando ratones (GFP)-LC3, y de un protocolo para la medición de la formación de autofagosoma por microscopía electrónica.