הדמיה רבת שיטה היא גישה יקרת ערך לחקר התישבות חיידקים במודלים של בעלי חיים קטנים. פרוטוקול זה מתאר זיהום של עכברים עם bioluminescent<em> Citrobacter rodentium</em> והניטור האורך של התישבות חיידקים באמצעות טומוגרפיה ההדמיה האור המפוזרת 3D המורכבת עם μCT הדמיה כדי ליצור סרט 4D של<em> ג rodentium</em> זיהום.