Summary

Взаимодействие бактериофага Т4 и кишечной палочки в кишечнике мышей: прототипная модель для изучения динамики бактериофагов хозяина in vivo

Published: January 26, 2024
doi:

Summary

Бактериофаги (фаги), вирусы, заражающие бактерии, являются неотъемлемым компонентом микробиома кишечника. Хотя эти симбиотические обитатели управляют бактериальной приспособленностью и динамикой популяции, мало что известно о том, как они влияют на гомеостаз кишечника и болезни. Этот протокол изучает изолированные фаги Т4 в мышиной модели, адаптируемые к другим фаго-бактериальным парам.

Abstract

Бактериофаги (фаги) — это вирусы, которые инфицируют бактерии со специфичностью на уровне видов и штаммов и являются наиболее распространенными биологическими объектами во всех известных экосистемах. В бактериальных сообществах, таких как микробиоты кишечника, фаги участвуют в регулировании динамики популяций микробиоты и стимулируют эволюцию бактерий. В последнее десятилетие возобновился интерес к исследованиям фагов, отчасти из-за специфичной для хозяина способности литических фагов убивать, что является многообещающим инструментом для противодействия растущей угрозе устойчивых к противомикробным препаратам бактерий. Кроме того, недавние исследования, демонстрирующие, что фаги прилипают к кишечной слизи, позволяют предположить, что они могут играть защитную роль в предотвращении бактериальной инвазии в нижележащий эпителий. Важно отметить, что, как и бактериальные микробиомы, нарушенные фагеомы связаны с ухудшением исходов таких заболеваний, как воспалительные заболевания кишечника. Предыдущие исследования показали, что фаги могут модулировать микробиом животных и людей с помощью трансплантации фекальных фильтратов, принося пользу здоровью хозяина. В связи с недавней волной исследований возникла необходимость в разработке и стандартизации протоколов изучения фагов в контексте микробиома кишечника. Данный протокол предусматривает комплекс процедур для изучения изолированных фагов Т4 и их бактериального хозяина, кишечной палочки, в контексте желудочно-кишечного тракта мышей. Методы, описанные здесь, описывают, как начать с лизата фага, ввести его мышам и оценить влияние на бактериальный хозяин и уровни фагов. Этот протокол может быть модифицирован и применен к другим фаго-бактериальным парам и является отправной точкой для изучения динамики хозяин-фаг in vivo.

Introduction

Бактериофаги, или фаги, — это вирусы, которые инфицируют и убивают бактерии со специфичностью на уровне видов и штаммов1. Фаги играют важную роль в сложных бактериальных сообществах, таких как микробиота кишечника, где они участвуют в регулировании динамики популяций и обеспечении приспособленности бактерий2. В течение последнего десятилетия возродился интерес к исследованиям фагов в связи с ростом числа устойчивых к противомикробнымпрепаратам патогенов3 и потенциалом фаговой терапии в качестве альтернативной стратегии лечения. В последние годы коктейли с литическими фагами используются внутривенно с некоторым успехом при серьезных, устойчивых к антибиотикам бактериальных септических инфекциях у людей 3,4. Пероральная фаговая терапия также была предложена в качестве потенциальной альтернативы антибиотикам для лечения кишечных инфекций и воспалений. Кроме того, фаги участвуют в успешном проведении трансплантации фекального фильтрата (БПФ), представляющего собой препараты фекальной микробиоты, фильтруемые для удаления бактерий, при лечении рецидивирующей инфекции Clostridioides difficile (rCDI)5,6, воспалительных заболеваний кишечника (ВЗК)7,8 и некротизирующего энтероколита у недоношенных свиней9. Учитывая эти результаты, важно учитывать взаимодействие как между фагами и микробиотой кишечника, так и между фагами и хозяином млекопитающих, поскольку добавление новых фагов в уже существующее сообщество может иметь косвенное влияние на сообщество в целом, а не только на его целевыебактерии 2,10.

Изучение взаимодействия фагов с бактериями-мишенями in vitro оказалось полезным для понимания механизмов и последствий взаимодействия фагов и бактерий в кишечнике. В этих условиях было показано, что специфическим Т4-фагам Escherichia coli порядка Caudovirales требуются иммуноглобулиновые (Ig)-подобные домены, расположенные в высокоантигенных белках внешнего капсида (Hoc) на поверхности вириона, для прилипания к кишечной слизи11. Кроме того, трансвелл-анализы показали, что фаги Т4 способны взаимодействовать с эпителиальными клеточными культурами и транслоцироваться через клеточные слои путем макропиноцитоза12,13. Эти результаты подтверждают гипотезу о том, что фаги могут взаимодействовать со своим многоклеточным хозяином, даже если они не способны инфицировать эукариотические клетки. Эти модели, хотя и полезны, не учитывают весь спектр сложных взаимодействий, происходящих в экосистеме кишечника, которые необходимы для всестороннего исследования трехстороннего взаимодействия между фагами, бактериями и многоклеточным хозяином.

Мышиные модели являются важным инструментом для исследования фагов в сложных средах. Желательным применением фагового введения является альтернативная стратегия лечения инфекций, устойчивых к противомикробным препаратам, или патологий, связанных с хроническими воспалительными заболеваниями, включая ВЗК. Тем не менее, в новой литературе высказывается предположение, что поведение фагов in vitro не в полной мере отражает функции in vivo. Buttimer et al.14 продемонстрировали, что фаговый коктейль способен истощать целевые бактерии в упрощенном консорциуме микробиоты человека in vitro, но не может быть воспроизведен in vivo на гнотобиотических мышах, колонизированных тем же бактериально-фаговым консорциумом. Кроме того, в обычном микробиоме мышей фаг Т7 приводил к селективному истощению кишечных бактерий-мишеней, хотя со временем наблюдалось постепенное восстановление, что свидетельствует об эволюционировавшей резистентности15. Другие исследования продемонстрировали сосуществование перорально вводимых фагов и их штаммов-мишеней бактерий in vivo 2,16. Действительно, помимо сосуществования фагов и бактерий, введение фагов привело к широкомасштабным изменениям в общем составе и функционировании сообщества микробиоты 2,16. Это актуально в условиях заболевания, поскольку в нескольких исследованиях была обнаружена связь между повышенным относительным количеством Caudovirales и ВЗК 7,8,17, которые не зависели от изменений в бактериальной численности7. Остается неизвестным, является ли это драйвером или следствием патогенеза заболевания.

Исторически в центре внимания фаговых исследований были отношения между фагом и его бактерией-мишенью. Однако также важно учитывать потенциальные взаимодействия между фагом и слизистой оболочкой, эпителием и иммунной системой многоклеточного хозяина. Все эти взаимодействия играют важную роль в общей реакции на кишечную фаговую инфекцию. Чтобы продемонстрировать это, фаги были изучены на безмикробных мышах (GF), чтобы выяснить их влияние на иммунную систему без вмешательства микробиоты8. В этой системе фаговые нуклеиновые кислоты детектировались толл-подобными рецепторами (TLR), расположенными в эндосомах фагоцитарных иммунных клеток (макрофагов и дендритных клеток). Это активировало нисходящую передачу сигналов и стимулировало Т-клеточную зависимую продукцию интерферона (ИФН)-γ8 или ИФН I типа18. Кроме того, Fluckiger et al.19 вовлекали CD8+ Т-клетки памяти в распознавание фаг-кодируемых (профаговых) антигенов, что приводило к перекрестной реактивности Т-клеток с опухолевыми антигенами, что приводило к снижению опухолевой нагрузки. Наконец, выработка фагоспецифических антител была задокументирована в исследованиях на мышах, где фаги доставлялись животным моделям непрерывно через питьевую воду 8,20 или путем многократного перорального зондирования в течение несколькихмесяцев20, демонстрируя способность фаговых белков стимулировать гуморальный иммунный ответ. Несмотря на то, что эти способы фаговой инокуляции позволяют обеспечить оптимальную и непрерывную подготовку иммунной системы, они могут не отражать естественное взаимодействие между фагами и кишечной средой, а также кинетику пероральной фаговой терапии. До сих пор в ограниченном числе исследований изучалось взаимодействие фага с одним видом бактерий в моноколонизированных мышиных моделях21. Тем не менее, моноколонизированные мыши оказались критически важными в расшифровке микробно-специфических эффектов отдельных видов на желудочно-кишечный тракт (ЖКТ) и иммунное развитие 22,23,24, и они еще могут оказаться полезными для понимания трехсторонних взаимодействий между фагами, их бактериями-мишенями и многоклеточным хозяином.

Интересно, что еще многое предстоит узнать о взаимодействии между кишечным фагом и кишечными комменсальными бактериями, а также о взаимодействиях, которые происходят между многоклеточным хозяином и фагами, которые в нем находятся. Этот протокол предусматривает набор процедур для изучения изолированного фага Т4 и его бактериального аналога E. coli (K-12, BW25113) с использованием гнотобиотической мышиной модели. Эти стандартизированные процедуры также обеспечивают основу для оптимизации других диад фаг/бактерия путем адаптации параметров роста к интересующим парам. Методы, описанные здесь, включают: (1) Приготовление фагов Т4 и носителей лизатов для перорального зондирования мышей; (2) Пероральное введение фага Т4 моноколонизированным гнотобиотическим мышам E. coli ; (3) Мониторинг уровня фагов Т4 в фекалиях и тканях мышей с течением времени.

Для получения репрезентативных результатов, представленных здесь, очищенные лизаты фагов Т4 размножали из запасов фаговых банков, поддерживаемых лабораторией Рохвера. Метод Phage-on-Tap для размножения фага Т4 был адаптирован25, как указано в этом протоколе. Метод позволяет получить высокие титры и низкий уровень эндотоксинов в течение трех дней. Используя этот подход, обычно собирали 10 мл ≥10 10 бляшеобразующих единиц (БОЕ)/мл фага Т4 с < 0,5 единиц эндотоксина (ЕС)/мл. Рекомендуемые уровни эндотоксина для перорального или внутривенного введения мышам составляют ≤ 20 ЕС/мл и ≤ 5 ЕЗЕ/кг/ч (или 0,1 ЕИ, вводимых в течение 1 ч для мышей весом 20 г), соответственно, что делает этот метод подходящим методом подготовки фагов для инокуляции in vivo . Все запасы фагов хранили при температуре 4 °C в фаговом буфере на основе солевого магния (SM) (рецепт приведен на этапе 1.1.5.1). Кишечную палочку культивировали в средах LB. Для различных пар фаг-бактерии этот протокол может адаптировать различные питательные среды и условия роста. Фаги также могут быть получены из окружающей среды, такой как сточные воды, морская вода, почва и содержимое кишечника, и могут быть изолированы и очищены в соответствии с Сэмбруком и Расселом26 перед приготовлением, используя соответствующие условия роста и размножения для каждой интересующей пары фаг-хозяин25. В качестве альтернативы фаги могут быть получены из коммерческих источников (см. Таблицу материалов) или из фаговых банков.

Protocol

Все эксперименты проводились в соответствии с рекомендациями, установленными Комитетом по уходу за животными UBC и протоколами, утвержденными Комитетом по биобезопасности (A23-0113, B19-0038). Мыши были помещены в Университет Британской Колумбии в условиях, свободных от патогенов, в Центре мод?…

Representative Results

Для изучения взаимодействий между диадой Т4-фаг/E. coli в кишечнике мышей были приготовлены, очищены и очищены Т4-фаг и транспортные лизаты (рис. 1А). Титрование лизатов фагов Т4 проводили методом бляшечного анализа и разбавляли до 2 х 107 КОЕ/мл (2 х 106 КОЕ/мышь) в …

Discussion

Изучение фагов в микробиоме представляет собой серьезную проблему по сравнению с их бактериальными аналогами. В частности, фаги не содержат консервативного филогенетического маркера, общего для всех фагов, сходного с 16S и 18S рибосомными субъединицами, которые позволяют легко секвенир?…

Disclosures

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

Авторы признают, что земля, на которой они проводили это исследование, является традиционной, исконной и незаселенной территорией народа xwməθkwəy̓əm (Musqueam). Земля, на которой он расположен, всегда была местом обучения для народа Маскеам, который на протяжении тысячелетий передавал свою культуру, историю и традиции из поколения в поколение на этом месте. Мы призываем других узнать больше о родных землях, в которых они живут и работают в https://native-land.ca. Авторы выражают признательность за поддержку со стороны Совета по естественным наукам и инженерным наукам Канады (NSERC) Canadian Graduate Scholarships – Master’s (N.P.), Michael Smith Health Research BC Trainee Award (RT-2023-3174, to MH), Программы грантов на открытие Совета по естественным наукам и инженерным исследованиям Канады (NSERC) (RGPIN-2019-04591 для C.T., RGPIN-2016-04282 для LCO), Канадского института перспективных исследований / Люди и микробиом (FL-001253 Appt 3362, Премия Фонда Майкла Смита (Michael Smith Foundation for Health Research Scholar Award) (18239, C.T.), Канадских институтов исследований в области здравоохранения (PJT-159458 LCO) и Канадского фонда инноваций (34673 для LCO и 38277 для CT). Мы благодарны за техническую поддержку со стороны Центра моделирования заболеваний UBC и ubcFLOW, который поддерживается Инициативой биологической устойчивости UBC GREx, а также членам лабораторий Осборна и Тропини за критическое обсуждение и оценку рукописи. Рисунки 1А и были созданы с помощью Biorender.com.

Materials

1-octanol (99%) Thermofisher CAAAA15977-AP
50 ml PES Steriflip Sterile Disposable Vacuum Filter Units Millipore Sigma  SCGP00525
Agarose (Low-EEO/Multi-Purpose/Molecular Biology Grade) Fisher BioReagents  BP160-500
Amicon® 100kDa Ultra-15 centrifugal filter device, Ultracel-100 Millipore Sigma UFC910008
BD Microtainer® Tubes, SST BD Medical 365967
Bioexclusion airtight cages (ISO cages)  Techiplast 1245ISOCAGE
C1000 Touch™ Thermal Cycler with 96-Well Fast Reaction Module BioRad 1851196
Calcium Chloride Dihydrate (White Crystals to Powder) Fisher BioReagents BP510-500
Cap Locks For 1.5ML Tube 100/pk Andwin Scientific  16812612
Chloroform (Ethanol as Preservative/Certified ACS) Fisher C298-500
Copper coated steel beads (4.5 mm) Crosman Corporation 0767
DNeasy Blood & Tissue Kit (50) Thermo Scientific  69504
DreamTaq Green PCR Master Mix (2X) Thermo Scientific  K1081
Ethylenediaminetetraacetic acid (EDTA) disodium salt solution, for molecular biology, 0.5 M in H2O Sigma Aldrich E7889
Fisher BioReagents™ Agar, Powder / Flakes, Fisher BioReagents™  Fisher Bioreagents BP1423-500
Fisher BioReagents™ Microbiology Media: LB Broth (Powder) – Lennox  Fisher Bioreagents BP1427-500
GeneRuler 100 bp DNA Ladder Thermo Scientific  SM0241
Green FastMix® qPCR mix, 1250 rxns QuantaBio 95072-012
HEPA filters for isocage lids, AUTOCLAVABLE H14 FILTERS FOR ISO LINE- IRRADIATED Techiplast UISOHEPAXTBOX-300
Magnesium sulfate heptahydrate Fisher BioReagents BP213-1
MaxQ 6000 Incubated Shaker Thermo Scientific  8354-30-0009
Microbiology Media: LB Broth (Powder) – Lennox Fisher BioReagents BP1427-500
Microcentrifuge Tubes with Locking Snap Cap, 2ml Fisher 14-666-315
Parafilm sealing film Bemis PM-996
Phage stocks Carolina Biological Supply  n/a
PicoLab® Mouse Diet 20 EXT LabDiet 5R58
Pierce™ Chromogenic Endotoxin Quant Kit Thermo Scientific  A39552S
RNase A (17,500 U) Qiagen 19101
RNase-free DNase Set Qiagen  79254
Sodium Bicarbonate (Fine White Powder) Fisher Chemical BP328-500
Sodium Chloride (Crystalline/Certified ACS) Fisher Chemical S271
Sonicator (probe model CL-18; power source model FB50) Fisher scentific  n/a
Sterile flexible film isolator  Class Biologically Clean  n/a
SYBR™ Safe DNA Gel Stain Invitrogen S33102
T100 Thermal Cycler  BioRad 1861096
T4 phage primer, forward (CCACACATAGCGCGAGTATAA) IDT n/a
T4 phage primer, forward (GAAACTCGGTCAGGCTATCAA) IDT n/a
TissueLyser II  Qiagen  85300
Tris-HCl, 1M Solution, pH 8.0, Molecular Biology Grade, Ultrapure Thermo Scientific  AAJ22638AE
Water, (DNASE, RNASE free) Fisher BioReagents BP2484100

References

  1. Rohwer, F., Segall, A. M. A century of phage lessons. Nature. 528 (7580), 46-47 (2015).
  2. Hsu, B. B., et al. Dynamic modulation of the gut microbiota and metabolome by bacteriophages in a mouse model. Cell Host & Microbe. 25 (6), 803-814.e5 (2019).
  3. Gordillo Altamirano, F. L., Barr, J. J. Phage Therapy in the postantibiotic era. Clinical Microbiology Reviews. 32 (2), (2019).
  4. Schooley, R. T., et al. Development and use of personalized bacteriophage-based therapeutic cocktails to treat a patient with a disseminated resistant Acinetobacter baumannii infection. Antimicrobial Agents and Chemotherapy. 61 (10), (2017).
  5. Ott, S. J., et al. Efficacy of Sterile Fecal Filtrate Transfer for Treating Patients With Clostridium difficile Infection. Gastroenterology. 152 (4), 799-811.e7 (2017).
  6. Zuo, T., et al. Bacteriophage transfer during faecal microbiota transplantation in Clostridium difficile infection is associated with treatment outcome. Gut. 67 (4), 634-643 (2018).
  7. Norman, J. M., et al. Disease-specific alterations in the enteric virome in inflammatory bowel disease. Cell. 160 (3), 447-460 (2015).
  8. Gogokhia, L., et al. Expansion of bacteriophages is linked to aggravated intestinal inflammation and colitis. Cell Host & Microbe. 25 (2), 285-299.e8 (2019).
  9. Brunse, A., et al. Fecal filtrate transplantation protects against necrotizing enterocolitis. The ISME Journal. 16 (3), 686-694 (2022).
  10. Duerkop, B. A., Clements, C. V., Rollins, D., Rodrigues, J. L. M., Hooper, L. V. A composite bacteriophage alters colonization by an intestinal commensal bacterium. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 109 (43), 17621-17626 (2012).
  11. Barr, J. J., et al. Bacteriophage adhering to mucus provide a non-host-derived immunity. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 110 (26), 10771-10776 (2013).
  12. Nguyen, S., et al. Bacteriophage Transcytosis provides a mechanism to cross epithelial cell layers. mBio. 8 (6), (2017).
  13. Bichet, M. C., et al. Bacteriophage uptake by mammalian cell layers represents a potential sink that may impact phage therapy. iScience. 24 (4), 102287 (2021).
  14. Buttimer, C., et al. Impact of a phage cocktail targeting Escherichia coli and Enterococcus faecalis as members of a gut bacterial consortium in vitro and in vivo. Frontiers in Microbiology. 13, 936083 (2022).
  15. Li, Y., et al. Bacteriophages allow selective depletion of gut bacteria to produce a targeted-bacterium-depleted mouse model. Cell Reports Methods. 2 (11), 100324 (2022).
  16. Reyes, A., Wu, M., McNulty, N. P., Rohwer, F. L., Gordon, J. I. Gnotobiotic mouse model of phage-bacterial host dynamics in the human gut. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 110 (50), 20236-20241 (2013).
  17. Federici, S., et al. Targeted suppression of human IBD-associated gut microbiota commensals by phage consortia for treatment of intestinal inflammation. Cell. 185 (16), 2879-2898.e4 (2022).
  18. Sweere, J. M., et al. Bacteriophage trigger antiviral immunity and prevent clearance of bacterial infection. Science (New York, N.Y.). 363 (6434), (2019).
  19. Fluckiger, A., et al. Cross-reactivity between tumor MHC class I-restricted antigens and an enterococcal bacteriophage. Science (New York, N.Y.). 369 (6506), 936-942 (2020).
  20. Majewska, J., et al. Induction of Phage-Specific Antibodies by Two Therapeutic Staphylococcal Bacteriophages Administered per os. Frontiers in Immunology. 10, 2607 (2019).
  21. Weiss, M., et al. In vivo replication of T4 and T7 bacteriophages in germ-free mice colonized with Escherichia coli. Virology. 393 (1), 16-23 (2009).
  22. Thomson, C. A., Morgan, S. C., Ohland, C., McCoy, K. D. From germ-free to wild: modulating microbiome complexity to understand mucosal immunology. Mucosal Immunology. 15 (6), 1085-1094 (2022).
  23. Al-Asmakh, M., Zadjali, F. Use of germ-free animal models in microbiota-related research. Journal of Microbiology and Biotechnology. 25 (10), 1583-1588 (2015).
  24. Ivanov, I. I., et al. Induction of intestinal Th17 cells by segmented filamentous bacteria. Cell. 139 (3), 485-498 (2009).
  25. Bonilla, N., et al. Phage on tap-a quick and efficient protocol for the preparation of bacteriophage laboratory stocks. PeerJ. 4, e2261 (2016).
  26. Sambrook, J., Russell, D. W. . Molecular Cloning: A Laboratory Manual. 1, (2001).
  27. Kropinski, A. M., Mazzocco, A., Waddell, T. E., Lingohr, E., Johnson, R. P. Enumeration of bacteriophages by double agar overlay plaque assay. Methods in Molecular Biology (Clifton, N.J). 501, 69-76 (2009).
  28. Manikantha, B., Karthika, R., Murugadas, V., Vishnuvinayagam, S., Rao, B. M. Comparison of the single agar and double agar layer methods for enumeration of bacteriophages. Fishery Technology. 59, 60-63 (2022).
  29. Sanders, E. R. Aseptic laboratory techniques: plating methods. Journal of Visualized Experiments. 63, e3064 (2012).
  30. Louten, J. Chapter 7 – Detection and diagnosis of viral infections. Essential Human Virology. , 111-132 (2016).
  31. Richter, &. #. 3. 2. 1. ;., et al. Adsorption of bacteriophages on polypropylene labware affects the reproducibility of phage research. Scientific Reports. 11 (1), 7387 (2021).
  32. . Amicon Ultra-15 Centrifugal Filter Devices Available from: https://www.emdmillipore.com/CA/en/product/Amicon-Ultra-15-Centrifugal-Filter-Unit (2018)
  33. Hecker, W., Witthauer, D., Staerk, A. Validation of dry heat inactivation of bacterial endotoxins. PDA Journal of Pharmaceutical Science and Technology. 48 (4), 197-204 (1994).
  34. Jakočiūnė, D., Moodley, A. A Rapid bacteriophage DNA extraction method. Methods and Protocols. 1 (3), 27 (2018).
  35. Zucoloto, A. Z., Yu, I. L., McCoy, K. D., McDonald, B. Generation, maintenance, and monitoring of gnotobiotic mice. STAR Protocols. 2 (2), 100536 (2021).
  36. Ng, K. M., et al. Single-strain behavior predicts responses to environmental pH and osmolality in the gut microbiota. mBio. 14 (4), e0075323 (2023).
  37. McCallum, G., Tropini, C. The gut microbiota and its biogeography. Nature Reviews. Microbiology. , (2023).
  38. Bergstrom, K., Xia, L. The barrier and beyond: Roles of intestinal mucus and mucin-type O-glycosylation in resistance and tolerance defense strategies guiding host-microbe symbiosis. Gut Microbes. 14 (1), 2052699 (2022).
  39. Askar, M., Ashraf, W., Scammell, B., Bayston, R. Comparison of different human tissue processing methods for maximization of bacterial recovery. European Journal of Clinical Microbiology & Infectious Diseases. 38 (1), 149-155 (2019).
  40. Redanz, S., Podbielski, A., Warnke, P. Improved microbiological diagnostic due to utilization of a high-throughput homogenizer for routine tissue processing. Diagnostic Microbiology and Infectious Disease. 82 (3), 189-193 (2015).
  41. Bhinder, G., et al. The Citrobacter rodentium mouse model: studying pathogen and host contributions to infectious colitis. Journal of Visualized Experiments. 72, e50222 (2013).
  42. Reyes, A., Semenkovich, N. P., Whiteson, K., Rohwer, F., Gordon, J. I. Going viral: next-generation sequencing applied to phage populations in the human gut. Nature Reviews Microbiology. 10 (9), 607-617 (2012).
  43. Camarillo-Guerrero, L. F., Almeida, A., Rangel-Pineros, G., Finn, R. D., Lawley, T. D. Massive expansion of human gut bacteriophage diversity. Cell. 184 (4), 1098-1109.e9 (2021).
  44. Reyes, A., et al. Viruses in the faecal microbiota of monozygotic twins and their mothers. Nature. 466 (7304), 334-338 (2010).
  45. Bach, M. S., et al. Filamentous bacteriophage delays healing of Pseudomonas-infected wounds. Cell Reports. Medicine. 3 (6), 100656 (2022).
  46. Filyk, H. A., Osborne, L. C. The multibiome: The intestinal ecosystem’s influence on immune homeostasis, health, and disease. EBioMedicine. 13, 46-54 (2016).
  47. Rohwer, F., Merry, Y., Maughan, H., Hisakawa, N. Heather Life in Our Phage World: A Centennial Field Guide to the Earth’s Most Diverse Inhabitants. Wholon. , (2014).
  48. Glonti, T., Pirnay, J. P. In Vitro techniques and measurements of phage characteristics that are important for phage therapy success. Viruses. 14 (7), 1490 (2022).
  49. Fraser, J. S., Yu, Z., Maxwell, K. L., Davidson, A. R. Ig-like domains on bacteriophages: a tale of promiscuity and deceit. Journal of Molecular Biology. 359 (2), 496-507 (2006).
  50. Li, H., et al. The outer mucus layer hosts a distinct intestinal microbial niche. Nature Communications. 6, 8292 (2015).
  51. Bergström, A., et al. Nature of bacterial colonization influences transcription of mucin genes in mice during the first week of life. BMC Research Notes. 5, 402 (2012).
  52. Adams, M. H. . Bacteriophages. , (1959).
  53. Kutter, E., Sulakvelidze, A. . Bacteriophages: Biology and Applications. , (2004).
  54. Bao, H., et al. Dysbiosis and intestinal inflammation caused by Salmonella Typhimurium in mice can be alleviated by preadministration of a lytic phage. Microbiological Research. 260, 127020 (2022).

Play Video

Cite This Article
Pett, N., Hunter, M., Carranza García, N. A., Seo, J. H., Collins, S. R., Rohwer, F., Osborne, L. C., Tropini, C. T4 Bacteriophage and E. coli Interaction in the Murine Intestine: A Prototypical Model for Studying Host-Bacteriophage Dynamics In Vivo. J. Vis. Exp. (203), e65906, doi:10.3791/65906 (2024).

View Video