Burada, ifade stratejisini kullanarak, genel olarak erişilebilen çeşitli veritabanlarından elde edilen havuza alınan klinik veri kümelerinin kapsamlı analizine dayalı olarak meme kanserinin biyomarker ve hayatta kalma tahminini keşfetmek için bir protokol sunuyoruz, korelasyon ve hayatta kalma analizi adım adım.
Son yıllarda, gelişmekte olan veritabanları karmaşık kanser genomik veri kümeleri yaklaşırken engelleri düşürmek için tasarlanmıştır, böylece, araştırmacılar analiz ve genleri yorumlamak için kolaylaştırarak, kanser farklı türleri arasında numuneler ve klinik veri. Burada, pratik bir çalışma prosedürü tarif, ID1 (DNA bağlayıcı proteinlerin Inhibitörü) örnek olarak, gelen elde edilen havuzlanmış klinik veri kümeleri temel alınarak meme kanserinin biyomarker ve hayatta kalma belirleyiciler ifade desenleri karakterize etmek çevrimiçi erişilebilir veritabanları, ONCOMıNE dahil, bcGenExMiner v 4.0 (meme kanseri gen-ifade madenci v 4.0), GOBO (meme kanseri Online için gen ifade tabanlı sonuç), HPA (insan protein Atlası), ve Kaplan-Meier Plotter. Analiz, kanserli örneklerde (örn. ID%) ilgi geninin ifade desenini sorgulayarak normal örneklerle başladı. Ardından meme kanserinde Idon ve klinikopatolojik özellikler arasındaki korelasyon analizi yapıldı. Ardından, Idon ‘un ifade profilleri farklı alt gruplara göre katmanlaşmış. Son olarak, Idon ifadesi ile hayatta kalma sonucu arasındaki ilişki incelendi. İşlem prosedürü, farklı veritabanlarından gen düzeyinde çok boyutlu veri türlerini entegre etmek ve meme kanserinde gen alterasyon olayların nüks ve genomik bağlamı ile ilgili hipotezi test etme kavramını basitleştirir. Bu yöntem, böylece, faiz bir gen üzerinde bilgilendirici bir perspektif mevcut sonuçların güvenilirliğini ve temsili artırabilir.
Meme kanseri, farklı moleküler alt tiplerde çeşitli prognoz ve tedavi stratejilerine sahip heterojen bir hastalıktır, bu da patogenezin ve gelişmenin muhtemelen değişik moleküler mekanizmalar ile ilişkili olduğu1,2 , 3. ancak, tedavi edici bir hedef tanımlamak genellikle yıl alır, hatta on yıllar, temel araştırma ilk keşif klinik kullanım için4. Kanser genomu için yüksek verimlilik sıralama teknolojisinin Genom geniş uygulama büyük ölçüde değerli biyolojik veya terapötik hedefler 5arama sürecini gelişmiş.
Büyük ölçekli kanser Genomics platformları, ıCGC (Uluslararası Kanser genom konsorsiyum) ve TCGA (Cancer Genome Atlas) gibi oluşturulan kanser genomik veri ezici miktarda, araştırmacılar için veri gerçekleştirmek için büyük bir meydan okuma poz Özellikle Enformatik ve hesaplama6,7,8,9,10‘ da yoğun eğitim olmayan kullanıcılar için keşif, entegrasyon ve analitik. Son yıllarda, gelişmekte olan veritabanları, (örneğin, ONCOMıNE, bcGenExMiner v 4.0, ve Kaplan-Meier plotter, vb) tasarlanmış ve karmaşık kanser genomik veri kümeleri yaklaşan için Bar düşürmek için geliştirilen, böylece, analiz etmek ve araştırmacılar kolaylaştırarak çeşitli kanser türleri arasında genler, numune ve klinik verileri yorumlamak11. Bu protokolün amacı, çok sayıda araştırmacı tarafından yaygın olarak tanınan bir dizi açık erişim veritabanından birden fazla gen bilgisi düzeyi ile entegre olan bir araştırma stratejisini açıklamak, potansiyel biyomarkerlerin belirlenmesi ve meme kanseri için prognostik faktörler.
ONCOMıNE veritabanı, kanser Mikroarray bilgileriyle Web tabanlı bir veri madenciliği platformudur ve yeni biyomarkerlerin ve terapötik hedefleri11‘ in keşfi kolaylaştırmak için tasarlanmıştır. Şu anda, bu veritabanındaki 65 gen ifade veri kümeleri ‘den fazla 48.000.000 gen ifadesi ölçümleri vardır11,12. BcGenExMiner v 4.0 (kar amacı gütmeyen kurum için ücretsiz bir araç), aynı zamanda meme kanseri gen-Expression Miner olarak adlandırılan, Kullanıcı dostu web tabanlı bir uygulamadır DNA mikrodiziler sonuçları oluşan 3.414 elde edilen meme kanseri hastaları ve 1.209 deneyimli bir aşağılayıcı olay13. R istatistiksel yazılım ve paketler ile gen prognostik analiz performansını artırmak için tasarlanmıştır.
GOBO mikrodiziler bilgileri (örneğin, Affymetrix U133A) ile bir çok fonksiyonlu Kullanıcı dostu online araçtır bir 51-örnek meme kanseri hücre hattı seti ve bir 1881-numune meme tümörü veri kümesi, bu analizler geniş bir dizi sağlar14. GOBO veritabanında, meme tümörleri ve hücre hatlarının farklı moleküler alt türlerinde gen ifade profillerinin hızlı analizini içeren çeşitli uygulamalar vardır, potansiyel Metagenes oluşturulması için ortak ifade edilen genler için tarama ve tek genlerin sonuç ve gen ifade seviyeleri, genler setleri, meme kanseri veri kümesinde gen imzaları arasında korelasyon analizi15.
Insan protein Atlası, bilim adamları için insan biyolojik ve hastalık alanında çok sayıda yayınlara katkıda bulunan, Insan proteomu keşfetmek için tasarlanmış bir açık erişim programıdır. İnsan proteini Atlas yaşam bilimi topluluğu için bir Avrupa çekirdek kaynağı olarak tanınır16,17.
Kaplan Meier plotter, 10.461 kanser örneklerine dayalı 54.675 genlerin prognostik etkisinin değerlendirilmesine izin veren gen ifadesi ve klinik verileri aynı anda entegre eden bir online araçtır ve bu da 1.065 gastrik, 2.437 akciğer, 1.816 ovaryalı ve 5.143 meme kanseri hastaları ortalama takip 33/49/40/69 ay18. Gen ifadesi, Relapse içermeyen hayatta kalma (RFS) ve genel hayatta kalma (OS) bilgileri bu veritabanından indirilebilir19,20.
Burada, karşılaştırmak, analiz etmek ve birden fazla kanser çalışmaları arasında ilgi geni ifadesinde değişiklik desenleri görselleştirmek için birden fazla halka açık veritabanları kullanarak pratik bir işlem prosedürü açıklamak, özetleme amacı ile ifade profilleri, prognostik değerler ve meme kanserinde potansiyel biyolojik fonksiyonlar. Örneğin, son çalışmalar tümörlerde ID proteinlerinin Onkojenik özelliklerini belirttiler ve hücresel dönüşüm, ölümsüzleştirme, gelişmiş proliferasyon ve metastam21 gibi malign özelliklerle ilişkilidir. 22,23. Ancak, KIMLIK ailesinin her üyesi farklı türde katı tümörlerde ayrı roller oynar ve meme kanserinde rolü belirsiz kalır24. Önceki çalışmalarda, bu yöntem ile inceledi, biz Idon meme kanseri25anlamlı prognostik bir gösterge olduğunu bulduk. Bu nedenle, protokol alır ID% veri madenciliği yöntemlerini tanıtmak için bir örnek olarak.
Analiz, kanserli örneklere ilişkin Gen ifadesinin ifade desenini sorgulamaya başlar ve ONCOMıNE ‘de normal numuneler oluşturur. Sonra, meme kanseri ilgi genler ifade korelasyonu BC-GenExMiner v 4.0, GOBO ve ONCOMıNE kullanılarak yapılmıştır. Ardından, ID3 ‘ ün ifade profilleri, yukarıdaki üç veritabanını kullanarak farklı alt gruplara göre katmanlaşmış. Son olarak, ID5 ifade ve hayatta kalma arasındaki ilişki BC-GenExMiner v 4.0, insan protein Atlası ve Kaplan-Meier Plotter kullanılarak analiz edildi. İşlem prosedürü Şekil 1‘ de akış çizelgesi olarak gösterildi.
Kamu veritabanlarının kapsamlı analizi, faiz geninin temel fonksiyonunu gösterebilir ve bu gen ile klinikopatolojik Parametreler arasındaki potansiyel bağlantıyı27,31‘ de ortaya çıkarabilir. Tek bir veritabanına dayanan keşif ve analiz, potansiyel seçim önyargı nedeniyle veya belirli bir ölçüde, veri toplama ve analitik algoritma dahil olmak üzere veri kalitesi çeşitliliği nedeniyle sınırlı veya yalıtılmış Perspektifler sağlayabilir …
The authors have nothing to disclose.
Bu çalışma kısmen Guangdong Eyaleti, Çin (No. 2018A030313562), eğitim reformu projesi Guangdong klinik öğretim üssü doğal Bilim Vakfı tarafından desteklenmektedir (Hayır. 2016JDB092), Çin Ulusal Doğal Bilim Vakfı (81600358), ve Guangdong Eyaleti, Çin (NO. 2017KQNCX073) kolejler ve üniversiteler gençlik yenilikçi yetenek projesi
A personal computer or computing device with an Internet browser with Javascript enabled |
Microsoft | 051690762553 | We support and test the following browsers: Google Chrome, Firefox 3.0 and above, Safari, and Internet Explorer 9.0 and above |
Adobe Flash player | Adobe Systems Inc. | It can be freely downloaded from http://get.adobe.com/flashplayer/. | This browser plug-in is required for visualizing networks on the network analysis tab. |
Chrome Broswer | Google Inc. | It can be freely downloaded from https://www.google.cn/chrome/ | This is necessary for viewing PDF files including the Pathology Reports and many of the downloadable files. |
Java Runtime Environment | Oracle Corporation | It can be downloaded from http://www.java.com/getjava/. | |
Office 365 ProPlus for Faculty | Microsoft | 2003BFFD8117EA68 | This is necessary for viewing the Pathology Reports and for viewing many of the downloadable files. |
Vectr Online | Vectr Labs Inc. | It can be freely used from https://vectr.com/new | This is necessary for visualizing and editing many of the downloadable files and pictures. |