1) Подготовка Е. кишечной DH5α лизат сотовый Привить 2 мл культуры (LB СМИ в пробирке) с Е. кишечной DH5α напряжение непосредственно с фондового глицерина и инкубировать при температуре 37 ° C и 250 оборотов в минуту в течение 8 ч. Использование автоклавного СМИ LB (10 г / л Бакто-триптон, 5 г / л дрожжевого экстракта, 10 г / л NaCl, рН 7,5). Привить 250 мл среды LB в 1 л шейкер колбу с перегородками с 2 мл культуры и инкубировать в течение ночи при температуре 37 ° C и 166 оборотов в минуту в инкубатор с орбитальный шейкер. Привить четыре 5 L шейкер колбах с перегородками каждый из которых содержит 2,5 медиа L LB с 250 мл культуры (50 мл для каждой колбы) и инкубировать культур при 37 ° С и 166 оборотов в минуту до OD 600 в 0,8 будет достигнута. Урожай клетки центрифугированием при 4 ° С, 3000X г в течение 20 мин. Выполните дальнейшей обработки при 0-4 ° С или на льду. Повторное приостановить собран клеточного материала в Milli-Q вода, соединить в одно ведро центрифуги и центрифуги для еще 30 мин при 6000x г и 4 ° C. Магазин в результате 20 г клеточного материала при температуре -20 ° С или -78 ° C. Повторное приостановить клетки в 100 мл ледяной буфера открытия ячейки (6,7 мМ MES, 6,7 мм NaOAc, 6,7 мМ HEPES, 1 мМ EDTA, 10 мМ β-меркаптоэтанол, 200 мМ NaCl, рН 7,5, 10% (м / о) глицерина, 0,2 мМ PMSF) и разрушать ультразвуком три раза в течение 1 мин в четырех 25 мл порциями по льду использованием sonifier (например Sonopuls HD 2070 от BANDELIN электронных GmbH & KG, максимальная амплитуда, непрерывный выход). Центрифуга лизата в течение ночи при 2370x г и 2 ° C. Концентрат супернатанта до 14 мл путем ультрафильтрации (например, при помощи значка Концентраторы, 7 mL/9K, от Pierce) на 2370x г и 2 ° C. Разрушающим вязкого концентрата из малых молекул, как SAM или SAH помощью гель-фильтрации на 2 ° С (например, Zeba опреснения Спиновые Столбцы, 10 мл, от Пирса, четыре колонны; хранения буфера удаляется на 1000x г в течение 2 мин, четыре раза уравновешивания с 5 мл ледяной буфера открытия клетки и удалить в буфер 1000x г в течение 2 мин, соответственно, 3,5 мл концентрата применяется к каждой колонке; 45 мин центрифугирования при 24x г, затем два раза по 2 мин при 1000x г) Дополнение в результате 13 мл лизат с 13 мл ледяной глицерина и Роше мини протеазы таблетки ингибитор коктейль, ЭДТА бесплатно. Смешать и растворить таблетки. Магазин лизат при температуре -20 ° C Определение общей концентрации белка анализа Брэдфорда (21 мг / мл в данном случае). Брэдфорд реагентов: 100 мг Кумасси бриллиантовый синий G-250 в 50 мл 95% этилового спирта, добавьте 100 мл 85% (м / о) фосфорной кислоты, развести водой до 1 л, когда краска полностью растворяется, и фильтр Ватман № 1 бумага просто перед использованием. 2) Захват анализ (А), конкурс Control (C), Pulldown (PD), конкурс Контроль Pulldown (ДСП), и комбинированные Пробирной Захват плюс Pulldown (+ PD) Для захвата экспериментов, САК caproKit (caprotec биоаналитики GmbH) была использована, которая включает SAH-CC, бесплатное САК как конкурента, покрытых стрептавидином магнитных шариков с 1 мкм в диаметре (Dynabeads MyOne Стрептавидином C1, Invitrogen Dynal), 5X буфера захвата (5X ЦБ, содержащего 100 мМ HEPES, 250 мМ ацетата калия, 50 мМ ацетат магния и 50% глицерин), и 5 раз промывочным буфером (5X ВБ, содержащий 250 мМ Трис-HCl, рН 7,5, 5 мМ ЭДТА, 5 М NaCl, 42,5 мкМ октил-β-D-глюкопиранозида). В течение нескольких параллельных экспериментов рекомендуется подготовить мастер смесь воды, буфер записи и Е. лизат палочка и для выполнения реакций в различных трубах одного 200 мкл ПЦР-трубки полосы (рекомендуется 0,2 мл Термо-Газа, Thermo Scientific, AB-1114). Здесь количество для одной реакционной трубы заданы. Результаты для пяти различных экспериментов будут представлены, которые захвата анализа (), конкуренция контроля (С), выпадающего (PD), конкуренция контроль пулдауна (ДСП), и комбинированный анализ захвата плюс пулдауна (+ PD). Для каждой реакции, подготовить 1,5 мл 1X ВБ, добавляя 0,3 мл 5 раз ВБ до 1,2 мл Milli-Q воды. Подготовка SAH-CC загружены покрытых стрептавидином магнитных шариков (caproBeads) в 200 мкл трубки полос ПЦР. Таким образом, смесь 25 мкл 100 мкМ SAH-CC с 50 мкл 10 мг / мл покрытых стрептавидином магнитных шариков для каждого аликвоту, энергично встряхнуть в результате суспензии при комнатной температуре в течение 2 мин, чтобы связывание биотина фрагмент из САК- ЦК стрептавидин на магнитную поверхность шва, и собирать бисер использованием сильный магнит (например, в шапках ПЦР-пробирку полосы использованием caproMagTM магнитное устройство, caprotec биоаналитики GmbH). Отменить супернатантах, вновь приостановить результате caproBeads в 200 мкл ВБ, магнитно собирать caproBeads (в шапках полос ПЦР трубки), а также отказаться от supernating ВБ. Закройте трубы, чтобы избежать высыхания бусин. Подготовка аликвоты целом E.coli DH5αКлеточный лизат в новой ПЦР пробирок при 0-4 ° С, используя мастер смеси (см. п. 2.2). С одной реакции, дополнять объема Milli-Q воды для конечного объема смеси реакция с 100 мкл 20 мкл 5X ЦБ. Перемешать, добавить 0,26 мг Е. кишечной лизат, и осторожно перемешайте инверсии. Только для С и ДСП, добавить 20 мкл 10 мМ SAH конкурирующим решением и осторожно перемешайте инверсии (добавить Milli-Q воду вместо SAH решение, ПД, и + PD). Ничья в 1 мкл образца из дальнейшего анализа (см. ниже). Приостановить caproBeads в соответствующих лизат и инкубировать в течение 3 ч при температуре 4 ° C хранение бисера в виде суспензии по очереди, чтобы обратимым связыванием SAH связывающих белков с функцией SAH селективность SAH-CC. Место суспензий, С и А + PD в caproBoxTM (устройство для облучения биохимических образцов УФ светом и одновременно охлаждение, caprotec биоаналитики GmbH) и облучать на общее время 30 мин в закрытой трубы между 0-4 ° С формировать ковалентные сшивки между реакционной функции SAH-CC с САК связывающих белков. Таким образом, удаление суспензии после облучения интервалом 2,5 мин, соответственно, с caproBoxTM, прохладно в ледяной воде в течение ~ 15 с (в частности, крышки), перемешать несколько раз обращением, в самое ближайшее время (~ 2 сек) центрифуги для удаления оставшихся подвески в век, и место обратно в caproBoxTM для следующего интервала облучения. Добавьте 20 мкл 10 мМ SAH решения, или 20 мкл Milli-Q воды C, PD, КПИ, и + PD и инкубировать подвески в течение 10 мин при 4 ° С для вытеснения, в, САК связывающие белки не сшитый для SAH-CC. Держите бисера в виде суспензии вращением или прерывистого ручной ресуспендирования. Сбор caproBeads с использованием суспензий сильный магнит (например, caproMagTM), отказаться от супернатантов и умой бусин шесть раз – путем повторного приостановления и коллекции – 200 мкл 1X ВБ и один раз с 200 мкл Milli-Q воды. Бусины могут быть сохранены в Milli-Q воды в течение нескольких недель при температуре 4 ° C. Альтернативные протоколы существуют для дальнейшей обработки захваченных белков и их идентификации (см. обсуждение). Вымойте бисером три раза с 200 мкл 60% ацетонитрил (ACN) и отпустить захваченных белков из бисера на 10 мин инкубации при комнатной температуре в энергичного встряхивания 200 мкл 60% ACN/0.2% трифторуксусной кислоты (ТФК) (подготовить свежий) . Использование LC-MS-класса реагентов и воды. Магнитное собирать бусы, отдельные и испаряются супернатант досуха использованием центробежного испарителя (например MiVac ДНК концентратор от GeneVac, Inc, Великобритания). Отменить бисером. 3) SDS-PAGE захваченных Белки Для SDS-PAGE, растворить захватили белков освобождается от магнитных шариков (испаряется АКС / TFA решений, начиная с шага 2.12) в 20 мкл образца SDS буфера (50 мМ Трис-HCl, 320 мМ β-меркаптоэтанол, 2,5% SDS, 0,05% бромфенола синий , 10% глицерина, рН 6,8). Смешайте 1 мкл пробы, взятой из (см. шаг 2.5) с 19 мкл буфера образец SDS; использовать 5 мкл этого раствора для SDS-PAGE анализа (0,25% от анализа). Тепло образцов в SDS образец буфера 10 мин до 95 ° С и пусть дать остыть до комнатной температуры. Анализ на SDS-PAGE (общие установки: МНК ® ProPage 4-20% Tris / глицин сборных гели; МНК OmniPage мини-гель-электрофореза системы; SDS работает буфер: 25 мМ трис базы, 200 мМ глицин, 0,1% SDS, рН 8,3 ; время выполнения 90 минут при постоянном напряжении 180 В при охлаждении льдом из буфера работает SDS). Серебряное пятно геля использованием MS совместимы серебра пятно метод (например ProteoSilver Серебряный пятно Kit от Sigma). Представитель Результат показан на рисунке 2. 4) В-гель Триптический дайджест белков и пептидов Извлечение из геля Группы Мойте серебро гель окрашивали по крайней мере три раза с 100 мл Milli-Q воде в течение 10 мин после серебра пятно решение остановка была удалена. Вырежьте гель полос (например, с помощью скальпеля и чистой передачи в 0,5 мл трубку Eppendorf) и хранят при температуре -20 ° С или непосредственно процесса. Вымойте геля полосы в течение 15 мин, соответственно, с 100 мкл воды, 100 мкл 50% этанола, 100 мкл воды, 100 мкл 50% этанола, и в течение 5 мин с чистого этанола. Повторите эту процедуру промывки еще раз. Re-гидрата гель группы по 10 мкл в-гель решение пищеварения (12,5 нг / мкл последовательности класса трипсина в 50 мМ бикарбоната аммония, готовят путем добавления 7,5 мкл 0,5 мкг / мкл раствора трипсина в 1 мМ HCl до 292,5 мкл 50 мМ бикарбоната аммония ) в течение 45 мин при 4 ° C. Удалить супернатант и заменить на 20 мкл 50 мМ бикарбоната аммония (без трипсина) с последующей инкубации при температуре 37 ° C в течение ночи при встряхивании. Сбор супернатант. Для извлечения пептид, инкубировать гель полосы с 20 мкл 5%-ной муравьиной кислотой (ФА) в течение 15 мин при встряхивании, добавляют20 мкл АКС и инкубировали еще 15 мин при встряхивании. Комбинат супернатант с предыдущим супернатант и повторите процедуру извлечения пептид еще раз. Evaporate объединил три супернатанты досуха, растворяют в 10 мкл 5% ФА при встряхивании и применения ультразвука (ультразвуковая ванна, например Sonorex от Bandelin, Германия) и приступить к обессоливания (шаг 5,2 и далее). 5) Триптический Дайджест захваченных Белки и пептиды Подготовка для LC-MS/MS Растворите захватили белков освобождается от магнитных шариков (испаряется АКС / TFA решений, начиная с шага 2.12) в 10 мкл 50 мМ бикарбоната аммония использованием ультразвука и ванны вортексе, добавить 1 мкл 0,5 мкг / мкл трипсина в 1 мМ HCl и инкубировать решение в 37 ° C в течение ночи. Опреснения раствор, содержащий пептиды триптического захваченных белков, используя C18 материала (например, 2-10 мкл StageTips, 20 мкл наконечник, Proxeon Biosystems / S, Оденсе, Дания, методикой производителя: предварительным условием по 10 мкл 50% метанола / 5 % FA, равновесие по 10 мкл 5% FA, нагрузка с пептидами захваченных белки, мыть по 10 мкл 5% FA, элюируются в два раза по 10 мкл 50% метанол / 5% ФА). Evaporate обессоленной пептидов в 50% метанол / 5% FA досуха, растворяют в 5,5 мкл 0,1% ФА при встряхивании и применения ультразвука (ультразвуковая ванна) и анализировать пробы nanoLC-MS/MS. 6) Анализ NanoLC-MS/MS Передача образца на образец стекла и поместить пластину в нано-поток жидкостной хроматографии (nanoLC) системы (например, Easy-НЖК жидкостной хроматографии системы; Proxeon Biosystems / S, Дания). Используйте 0,1% ФА в воде в качестве подвижной фазы и 0,1% ФА в Сети в качестве подвижной фазы B. Только использование LC-MS растворителей класса. Нагрузка 5 мкл пептида решение непосредственно на предварительно колонку (например, биосферный nanoflow С18, 5 мкм, 120 А, 20 х 0,1 мм; NanoSeparations, Нидерланды) в сочетании с аналитической колонки (например, биосферный nanoflow С18, 5 мкм, 120 А , 100 х 0,075 мм; NanoSeparations, Нидерланды), используя 5% ACN/0.1% ФА. Во время LC, элюировать пептидов в течение 80 мин линейным градиентом от 5% ACN/0.1% FA до 40% ACN/0.1% FA следуют дополнительные 2 мин до 100% ACN/0.1% FA, оставаясь на 100% ACN/0.1% FA еще на 8 мин с контролируемой скоростью потока 400 Нл / мин. Выполните масс-спектрометрического (MS) анализ элюировали пептидов на высокую точность состоянии современных масс-спектрометр (например LTQ Орбитрэп XL масс-спектрометра; Thermo FisherScientific, Германии, оснащенный источником nanoelectrospray иона электрораспылением ионизации (ESI); Proxeon Biosystems / S, Дания). Выполните масс-спектрометрического анализа данных зависит от режима автоматического переключения между Орбитрэп-MS (профиль режиме) и LTQ-MS/MS (центроида режим) приобретения. Управление долгом масс-спектрометр цикла, установив время впрыска автоматическая регулировка усиления. Приобретать обзор полного сканирования MS спектров (от т / г 300 до 2000) в Орбитрэп с разрешением R = 60000 на т / г 400 (после накопления на целевое значение 500000 зарядов в линейной ионной ловушки). Установите инструмент для последовательного выделения наиболее интенсивных ионов (до пяти, в зависимости от интенсивности сигнала) для фрагментации в линейной ионной ловушки использованием индуцированных столкновениями диссоциации (CID) на целевое значение 10 000 зарядов. В результате осколочные ионы регистрируются в LTQ. Для точного измерения массы в режиме MS, использование однозарядных polydimethylcyclosiloxane фоне ионов (Si (CH 3) 2 O) 6 H + (т / г 445,120025), образующихся при электрораспылением процесса из окружающего воздуха, как блокировка массы для реального времени внутренние калибровки. Динамически исключить целевые ионы уже массовый, отобранных для CID на протяжении 60 с Установить плату скрининга государства и отказ от ионов для CID с неназначенным заряда. Далее масс-спектрометрического настройки следующим образом: набор спрей напряжения до 1,6 кВ, установка температуры в отапливаемом передачи капиллярной до 200 ° С, и нормированная энергия столкновения равна 35% для MS 2. Минимальный сигнал, необходимых для MS 2 составляет 500 пунктам. Применить активации д = 0,25 и времени активации от 30 мс для MS 2 приобретений. Для очистки системы LC, выполните одно холостой ход между двумя последовательными измерениями СКК. 7) пептидов и белков Идентификация по автоматизированного поиска базы данных последовательностей Использование алгоритма идентификации белков для анализа MS / MS данных (в данном случае хранятся в исходных файлов), например, SEQUEST реализованы в BioworksBrowser 3.3.1 SP1 (Thermo FisherScientific, Германия) и X! Тандем (Глобальный Протеом Организация машины, версия 2007.01.01.1), реализованных в Scaffold 3 (версия Scaffold_3_00_03, Протеом Software Inc, США). Выполните автоматизированной базы данных поиска против последних UniProtKB / швейцарский-Prot Database Release www.expasy.org организма изучены (база данных, используемая для настоящего исследования: кишечная палочка, штамм К12, выпуск 57-11). Используйте следующие параметры для автоматизированного поиска в базе данных SEQUEST: 5 промилле предшественником терпимости, 1 а.е.м. фрагмент ионно терпимость и полное специфичность трипсина позволяет на срок до двух пропущенных расколы. Разрешить как переменные фосфорилирования модификаций на серин, треонин, и тирозина; окисление methionines; дезамидирования на аспарагин и глутамин; ацетилирования на лизин и серин; формилирования на лизин и метилирования в аргинин, лизин, серин, треонин и аспарагин. Не используйте фиксированные изменения в базе данных поиска. Нагрузка РВСН или ДТА и из файлов, создаваемых в SEQUEST лесов 3, который выполняет оценку вероятности пептидных задания и идентификации белков, объединяя SEQUEST и X! поиски Тандем базе данных. Леса полезно для легкого сравнения и визуализации белка списки из нескольких образцов (в данном случае, C, PD, КПИ, и + PD). Установите параметры, в пределах лесов 3 программное обеспечение, чтобы рассматривать только пептиды с ≥ 95% вероятностью, как указано пептида алгоритм Пророк (ref.13). Установить вероятности идентификации белков для нескольких заданий пептид ≥ 95% в соответствии с алгоритмом белка Пророк 13. Для идентификации белков одного пептида, произвольно установить белка вероятность ≥ 50% и вручную проверять соответствующие пептидные MS / MS спектров. Белки, составляющие аналогичных пептидов и не могут быть дифференцированы на основе MS / MS анализ сами по себе, сгруппированных по программное обеспечение для удовлетворения принципов бережливости. Оценкам ложных открытий пептида идентификации можно определить, используя обратный подход белка базы данных и должно быть <1%. Представитель результаты CCMS экспериментов приведены в таблицах 1, 2 и дополнительные таблицы S1 (виду, что белок база данных не последнюю дату для некоторых белков, например, PrmB (ака YfcB) или RsmH (ака MraW)), а также как показано на рисунке 3. 8) представитель Результаты Таблица 1: Белок ORF MW / кДа Описание Подложка C PD ДСП + PD DCM b1961 53,5 ДНК-цитозин MTase ДНК (5mC) 1 0 0 0 1 RlmI b0967 44,4 23S рРНК m5C1962 MTase рРНК (5mC) 17 0 17 0 20 RlmL b0948 78,9 23S рРНК m2G2445 MTase рРНК (m2G) 12 0 0 0 10 TrmB b2960 27,3 тРНК (гуанин-N (7) -)-MTase тРНК (m7G) 11 0 0 0 13 CmoA b1870 27,8 тРНК (cmo5U34)-MTase тРНК (mcmo5U) 7 0 0 0 4 RsmG b3740 23,4 16S рРНК m7G MTase рРНК (m7G) 6 0 1 0 5 RsmH b0082 34,9 16S рРНК m4C1402 MTase рРНК (M4C) 5 0 0 0 7 RsmD b3465 21,7 16S рРНК m2G966 MTase рРНК (m2G) 2 0 0 0 2 RSMB b3289 48,3 16S рРНК m5C967 MTase рРНК (5mC) 1 0 0 0 0 MnmC b2324 74,4 Бифункциональные белка включает тРНК (МНМ (5) S (2) U34)-MTase тРНК (mnm5s2U) 1 0 0 0 0 PrmB b2330 35,0 50S рибосомных белков L3 Gln150 MTase белка (Gln) 13 0 0 0 15 Шер b1884 32,8 Хемотаксис белка MTase белка (Glu) 0 0 0 0 1 Cfa b1661 44,9 Циклопропан-жирные-ацил-фосфолипидных синтазы маленькая молекула 15 0 0 0 14 Tam b1519 29,0 Транс-aconitate 2-MTase маленькая молекула 2 0 0 0 3 CysG b3368 50,0 Siroheme синтазы включает uroporphyrinogen-III C-MTase маленькая молекула 1 0 0 0 2 ССПМ b0921 29,8 Белки ССПМ (?) 7 1 0 0 8 MtnN b0159 24,4 5'-Methylthioadenosine / САК nucleosidase малый б молекулы 36 0 0 0 39 GlnA b3870 51,9 Глутаминсинтетазы небольшие молекулы с 90 0 0 0 97 RplK b3983 14,9 50S рибосомных белков L11 белка MTase PrmA г 2 0 0 0 2 Не (полностью) характеризуется б Нет метилирования но расщепление гликозидной связью SAH с Нет метилирования, но связывание САК в АТФ сайт связывания как показали эксперименты с CCMS СПС в качестве конкурента (данные не представлены) г подложка из 50S рибосомных белков L11 MTase PrmA; воспроизводимых конкретной идентификации CCMS (данные не представлены) Таблица 1: MTases и ряда других белков, определенные CCMS экспериментов. Заданные числа обозначают невзвешенное пептид спектральный подсчета на белок. Образцы дубликаты тех проанализированы SDS-PAGE/silver пятно на рисунке 2. Гораздо более MTases и других SAH связывающие белки выявлены в анализе СКК () по сравнению с пулдауна (PD) и САК специфики показывает почти полное отсутствие этих белков в конкурсе контроля (С). Таблица 2: C PD ДСП + PD 111 (64) C 65 (41) 107 (46) PD 25 (15) 23 (13) 61 (17) ДСП 23 (13) 22 (12) 20 (14) 47 (14) + PD 87 (61) 64 (41) 23 (14) 22 (12) 124 (67) Таблица 2: Общее число выявленных белков в CCMS работает и белка перекрытия трасс. Количество белков отождествляется с по крайней мере 2 пептидов приведены в скобках. Высокая воспроизводимость метода может быть выведено из высоких перекрытия белков (в основном неспецифические белки) между сопоставимыми экспериментов (по сравнению с С и особенно против + PD, но и PD против CPD), особенно с белками энергично отождествляется с по крайней мере 2 пептидов. См. также рисунке 3 диаграммы Венна и S1 дополнительную таблицу, чтобы получить список всех идентифицированных белков. Рисунок 1А: Химическая структура трифункциональных соединения Capture (ГК). Селективность функции обрамлена капли, реакционная функции с звездой, и функция сортировки с полумесяцем. Химически стабильны S-аденозил-L-гомоцистеина (САК) является кофактором продукт S-аденозил-L-метионина (SAM) после метильной группы передаче SAM-зависимых MTases, для которых SAH действует как ингибитор продукта. Рис 1B: CCMS "по-бусинка "рабочий процесс. УК обязана на магнитных шариков его функция сортировки (а), так формируется caproBeads инкубируют с сложную смесь белков (б), где обратимое связывание равновесия (с) устанавливается между селективностью функции CC и белков-мишеней. При УФ-облучении (г), реакционная функции формы ковалентной сшивки. После мытья магнитных шариков подшипников захватили белков (е), расщепление сшитый CC-белковые комплексы из магнитных шариков (е) и триптического дайджест (г), захваченные белки могут быть идентифицированы по MS анализ триптического пептидов. Рисунок 2: SDS-PAGE/silver пятно анализа захваченных белки (после шага F на рисунке 1В). Переулок описание приведено в верхней части геля (МВт: маркер молекулярного веса с соответствующим молекулярным весом маркера полосы уделяется очень правильный, L: 0,25% пробы, взятой из кишечной палочки DH5a целом лизат клетка, прежде чем добавлять caproBeads на стадии б на рисунке 1В;: анализ с добавлением избыточных свободных САК после УФ-облучения г шагом на рисунке 1В; C: управление анализа в том числе избыток свободного САК как конкурента во время шаги в, г на рис 1B (эфирные определить какие-либо неспецифически захватили белков); PD: выпадающее означает отсутствие УФ-й шаг облучения на Рисунке 1B и без добавления свободного SAH; CPD: контроль за использованием выпадающего САК как конкурента; + PD: комбинированный анализ плюс выпадающего то есть не того свободных SAH во время рабочего процесса). Белки, определенные MS от выреза белковых полос гель после в-гель триптического переварить даются очень leftt. Очевидно, что фото-сшивающие повышает урожайность и чувствительность эксперимента, и специфичность может быть легко проверены на конкурсе в экспериментах с использованием избыточных свободных САК. В Таблице 1 MTases и ряда других белков, определенные CCMS опыты дубликаты проб из показанных в данном рисунке. Рисунок 3: диаграммы Венна explaning перекрытия идентифицированных белков в анализе СКК (), конкуренция контроля (С), и выпадающее (PD). Слева: Количество MTases и САК nucleosidase, только со ссылкой на таблице 1. Справа: Количество всех идентифицированных белков ссылкой на таблицу 2 и S1 Дополнительный таблице. Количество белков отождествляется с по крайней мере 2 пептидов приведены в скобках.