אנו מדגימים את הגישה שלנו למציאת פוטנציאל משפר אלמנטים מן הגנים מוסדר מבחינה התפתחותית והערכה תפקידם דרך transgenesis דג הזברה פסיפס.
Abstract
השלמת רצף הגנום האנושי, יחד עם זה של מינים רבים אחרים, הדגיש את האתגר של ייחוס תפקיד ספציפי רצפים שאינם קידוד. פונקציה אחת הבולטות שביצעה השבר ללא קידוד של הגנום הוא לווסת את שעתוק הגנים, אולם אין שיטות יעילות רחב לחזות cis-הרגולציה אלמנטים רצף הדנ"א העיקרי. פיתחנו פרוטוקול יעילה מבחינה תפקודית להעריך את הפוטנציאל cis-הרגולציה אלמנטים דרך transgenesis דג הזברה. הגישה שלנו מציעה יתרונות משמעותיים על פני תרבית תאים טכניקות המבוססות על הגנים החשובים מבחינה התפתחותית, שכן הוא מספק מידע על ויסות הגנים במרחב ובזמן. לעומת זאת, הוא מהיר יותר ופחות יקר מאשר ניסויים דומים העכברים הטרנסגניים, ואנחנו שגרתי להחיל אותה על רצפים מבודדים מן הגנום האנושי. כאן אנו מדגימים את הגישה שלנו בחירת האלמנטים לבדיקה המבוססת על שימור רצף פרוטוקול שלנו רצפים שיבוט microinjecting אותם עוברי דג הזברה.
Protocol
1. בחירה שיבוט של רצפים שימור לבדיקה צריך קודם כל לזהות רצפים רגולטוריים פוטנציאל בדיקה פונקציונלית. אנו מסתמכים על שימור רצף אבולוציוני כקריטריון לבחור רצפים, ולרוב השימוש PhastCons אלגוריתם, אשר נגיש כמו מסלול בדפדפן הג…
Discussion
אנחנו הוכיחו את הגישה בשימוש במעבדה שלנו לניתוח יעיל של משפרי פוטנציאליים באמצעות transgenesis דג הזברה. לרוב, אנו משתמשים בגישה זו כדי לחפש רקמות ספציפיות משפרי הקשורים הגנים האנושיים. למרות חוסר הומולוגיה רצף ברור רוב הזמן בין אדם ודגים ללא קידוד רצפים, אנו מוצאים כי גיש…
Acknowledgements
אנו מודים לגב 'פאולה רועי עבור בעלי דגים מעולה, סטיב Ekker מתנה סוג של pDB600 פלסמיד. מחקרים אלו מומנו על ידי מענק של עד מד"ב מ NHGRI.